RaNA-Seqは、University of Salamancaの研究者により開発されたRNA-seq生データ(FASTQファイル)を入力データとしてウェブブラウザ上でデータ解析ができるクラウドプラットフォームです。(原著論文: RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis)
FASTQファイルの定量化、品質チェック、遺伝子発現解析、機能解析による生物学的解釈などの一連のRNA-seqデータ解析を、これらの解析に経験のない利用者のために設計され簡潔なウェブインターフェースで実行することができます。各解析は、入力パラメータを設定してカスタマイズすることができ、それらのプロトコルも共有可能です。解析結果は、インタラクティブなグラフィックとレポートとして表示され、解釈がしやすくなっているほか、論文の図表として出力することも可能です。
今回は、ヒトの培養細胞(コントロール)と H2O2を晒した培養細胞のRNA-seqデータ(Study Accession ID: PRJNA254790)を例として、RaNA-seqの使い方を紹介します。