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2021.05.16

09:50

Author:  Kyoka Sato

Editor:  小野 浩雅

DoMosaicsを使ってドメイン構造と系統樹を可視化する

DoMosaics は、複数のタンパク質のドメイン構造と系統関係が簡単に調べられるウェブツールです。これによって、どのようなドメインが進化の過程で獲得されたのか、また欠落したのかを推定することができます。ドメイン検索のためのデータベースをPfamからダウンロードする方法や、検索用プログラム(hmmscan、hmmpress)をHMMERからダウンロードしてインストールする方法を解説したあとに、サンプルデータを使って、DoMosaicsの使い方を紹介します。

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    Highlights

    • 00:17 1. DoMosaicsのダウンロード
    • 00:59 2. Pfamからデータベースのダウンロード
    • 02:13 3. hmmscanとhmmpressのダウンロード とインストール
    • 04:51 4. DoMosaicsを用いたドメイン検索
    • 07:53 5. タンパク質の系統樹を書く
    • 08:36 6. ドメイン構造と系統関係の可視化

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      210516_DoMosaics.mov

      DOI

      https://doi.org/10.7875/togotv.2021.045

      License

      Creative Commons CC-BY-4.0

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