バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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Snakemakeの紹介 @ Bio”Pack”athon2020#6
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この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/97_8SmUR5i0
Snakemakeの紹介 @ Bio”Pack”athon2020#6
本日の統合TVは、2020年7月10日に開催された、Bio”Pack”athon2020#6の露崎 弘毅 氏による 「Snakemakeの紹介」をお送りします。約27分です。
本講習では、Snakemakeによるワークフロー構築を、小さく具体的な例を拡張しながら大きなワークフローにしていく流れで紹介しています。
Snakemakeは、人間が読みやすいPythonベースで記述されているワークフロー言語の一つで、データ解析の再現性向上に役立ちます。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
- ・BioC Asia 2021への準備と誘致
Highlights
- 01:36 1. ワークフローの意義
- 02:55 2. データサイエンスにおける再現性関連技術
- 05:29 3. Snakemakeを習得
- 06:34 4. Level1 あえてシェルスクリプトで書いてみる（悪い例）
- 10:56 5. Level2 1サンプル×1ルール（Snakemakeを導入）
- 13:23 6. Level3 1サンプル×全ルールで実行
- 14:03 7. Level4 シェルスクリプトにまとめ、計算ノードにジョブ投入
- 15:04 8. Snakemakeでのジョブの投げ方
- 16:17 9. Level5 全サンプル×全ルールで実行
- 18:21 10. 繰り返し処理を担うワイルドカードの指定の仕方
- 19:20 11. Level6 containerタグでDockerコンテナを使う
- 20:39 12. Level7 condaタグでconda環境を使う
- 21:51 13. Level8 wrapperタグでsnakemake wrappersを使う
- 23:52 14. ツールの仮想環境イメージの検索先
- 25:10 15. まとめ
Download the video file
210225_Snakemake.mov