NetSurfP-2.0を使ってタンパク質の二次構造や化学的性質を予測する

NetSurfP-2.0 はタンパク質の二次構造、溶媒露出度、ディスオーダーなどを Convolutional neural networks と Long short-term memory neural networksによって予測するウェブアプリケーションです(原著論文: NetSurfP‐2.0: Improved prediction of protein structural features by integrated deep learning)。デンマークのデンマーク工科大学(Technical University of Denmark: DTU)が提供しています。NetSurfP-2.0では、FASTA 形式で入力されたアミノ酸配列に対して、10アミノ酸未満のときは HHblits 法を、10以上のときは MMseqs を用いてSequence Profile を作成します。そのSequence Profile を入力として、Deep Learning によって二次構造などの特徴を予測し、アミノ酸残基ごとの特徴が図として出力されるのが特長です。

Highlights

  • 00:09 1. NetSurfP-2.0 について
  • 00:44 2. タンパクの化学的特性を予測する
  • 01:48 3. 解析結果を確認する
  • 02:43 4. 解析結果をダウンロードする

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210219_NetSurfP-2.0.mov

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