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Bioconductorにおけるtidyなデータ解析の最新動向 @ Bio”Pack”athon2020#11

2020年11月11日に開催された、BioPackathon2020#11の露崎 弘毅 氏による 「Bioconductorにおけるtidyなデータ解析の最新動向」をお送りします。約49分です。 本講習では、前半ではtidyverse入門について、後半ではtidyなデータ解析に対しての見解について紹介しています。tidyverseとは、データのモデル化、変換、視覚化といった機能を提供するデータサイエンスのために設計されたRパッケージ集で、すべてのパッケージは、基本的な設計思想、文法、データ構造を共有しています。 この講演動画は、Bio”Pack”athon(バイオパッカソン)からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
  • ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
  • ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
  • Bioconductorへの登録サポート
  • ・BioC Asia 2021への準備と誘致
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。

Highlights

  • 00:29 1. Rの様々なコーディングスタイル
  • 06:18 2. tidyverseの流儀に従っておくと便利なこと
  • 07:45 3. tidy dataとは
  • 12:26 4. tidyverseの内訳
  • 17:51 5. tidyverse利用のデメリット (私見)
  • 21:04 6. Bioconductorのtidy化
  • 23:34 7. tidyverse × データ解析
  • 24:13 8. 教師あり学習モデルの例
  • 31:08 9. 教師なし学習モデルの例
  • 36:23 10. tidySummarizedExperimentについて
  • 37:35 11. tidybulkについて
  • 38:29 12. tidySingleCellExperiment/tidySeuratについて
  • 39:12 13. まとめ・Q&A

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210214_tidydata.mov

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