公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う
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NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているマイクロアレイデータを解析する
NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOに登録されているマイクロアレイ実験のデータを、フリーのデータ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2Rの使い方を紹介します。 GEO2Rを使って、2つ以上のグループの実験データを比較し、実験条件によって発現が異なる遺伝子を特定することができます。今回は、喫煙による口腔粘膜の遺伝子発現変化を調べた実験 (Effects of Cigarette Smoke on the Human Oral Mucosal Transcriptome: GSE17913を例に、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の結果発現量に差が大きいとされた上位の遺伝子を表示したり、各統計量について解釈する方法について紹介します。
Highlights
- 00:20 1. GEOのトップページから口腔粘膜のトランスクリプトームを測定したデータセットを探す
- 00:53 2. 各サンプルを比較したい2群に分ける
- 03:00 3. 解析結果の表から2群間で異なる発現パターンを示した遺伝子を確認する
- 04:14 4. 解析結果の図から2群間で異なる発現パターンを示した遺伝子を確認する
- 06:37 5. 遺伝子発現分布からデータのクオリティを調べる
- 08:00 6. P値の計算方法など解析手法の設定を変更する
- 09:24 7. プローブIDから任意の遺伝子の発現を確認する
- 10:34 8. これまでの操作をRのスクリプトで表示する
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210213_GEO2R.mov