Perseus は、マックス・プランク研究所 (Max Planck Institute of Biochemistry (MPIB))が開発しているソフトウェアで、タンパク質の定量化、相互作用、翻訳後修飾データの解釈において、生物学および生物医学の研究者をサポートします。Perseusには、正規化、パターン認識、時系列解析、クロスオミクス比較、多重仮説検定を網羅した高次元オミックスデータ解析のための統計ツールが含まれています。Perseusを使うことで、マウスとキーボードのみでペプチドやタンパク質同定一覧から発現プロファイルの可視化や統計的な解析を行うことが可能です。Perseusは現段階でWindowsのみで起動します。 今回は、JPOST(https://jpostdb.org/) からダウンロードした「BONCATは植物組織中のタンパク質合成の時間分解解析を可能にする」というプロジェクトのデータ(非天然アミノ酸でラベル化するBONCATという手法で植物組織に熱ストレスを与えた際に起こるタンパク質合成の変化を調べています。)を解析例として、Perseusの基本的な使い方とともに、タンパク質同定一覧の可視化と候補タンパク質を選抜する方法について紹介します。また、動画の途中であった欠損値の説明は「The Perseus computational platform for comprehensive analysis of (prote)omics data」論文のSupplementary Figure 3で説明されています。
動画の最後に説明しているMaxQuantのYouTubeチャンネル (サマースクールの様子)とPerseusのGoogle Groups (メンバー登録が必要)もあわせてご覧ください。