NCBI BLAST+ を使って 自分のコンピュータでBLAST検索をする 〜導入・準備編 (MacOS版)〜

NCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。現在、さまざまなデータベースに対してウェブブラウザ経由でBLAST検索を実行することができます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量のクエリには制限があったり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。
NCBIはBLAST+と呼ばれるBLASTを実行するためのコマンドラインツールを提供しています(Local BLASTとも呼ばれます)。これにより、サイズ、ボリューム、データベースの制限を受けることなく、自分のコンピュータ上でBLAST検索を実行することができます。今回の統合TVは、自分のコンピュータ(MacOS)でBLAST検索を実行するためのその導入・準備編として、BLAST+のインストール方法やBLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。

Highlights

  • 00:10 1. BLAST+について
  • 00:24 2. BLAST+のインストール方法
  • 01:50 3. Terminalアプリを使ったBLAST+のセットアップ
  • 03:12 4. Webサイト経由のデータベースのダウンロード
  • 04:47 5. コマンドライン経由のデータベースのダウンロード

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201216_BLAST+.mov

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