Human Metabolome Database (HMDB)とは、ヒトにおける低分子代謝物に関するデータベースで、アルバータ大学(カナダ)のWishart研究室を中心とするThe Human Metabolome Projectによって提供されています。
2020年4月現在の最新バージョン(Version 4.0) では、水溶性と脂溶性の両方を含んだ114,193の代謝物が登録されています。その中には、物性や構造、分類などの化学データ、関連する疾患や生理学的効果などについての臨床データ、代謝経路や体内での局在、定量結果などの分子生物学・生化学データが含まれています。HMDBでは、テキスト検索や配列検索、化学構造検索、質量分析やNMRの測定値による検索など幅広い検索に対応しているほか、KEGGやPubChem、GenBankなどの外部データベースや可視化ツールと紐付けられているのが特徴です。
今回は酪酸 (Butyric acid) を例として、特性や関連する疾患などを調べる方法のほか、質量分析のスペクトルデータを用いた検索機能についても紹介します。