PyMOLを使ってタンパク質の構造を見る

PyMOL(パイモル: 動画作成時点のバージョンは2.3.4)は、人間の肉眼では見えない生体分子を高品質な3Dイメージとして可視化することができるオープンソースの分子ビューアです。名称の一部Pyは記述言語であるPythonに因んでいます。コンパイル済みの製品を使用する場合は有料化されていますが、教職員もしくは学生は教育目的として登録すれば無料で使うことができます。
一方、最新のソースコードは無償公開されており、自分でソースコードからコンパイルして利用することもできます。(参考記事1: Windows10にPyMOLをインストールする(2018年8月30日版)、参考記事2: macOS/CentOS 7/Ubuntu 18.04へのオープンソース版PyMOLのインストール方法)
今回は、製品版のPyMOLを使って、Macへのインストールとその登録方法、基本操作を解説します。例として用いた3B7E (Neuraminidase of A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 strain in complex with zanamivir)は、1918年に流行したスペイン風邪の原因となったH1N1型インフルエンザウイルスの増殖を助ける、ノイラミニダーゼ(NA: Neuraminidase) というタンパク質です。

Highlights

  • 00:44 1. PyMOLを検索し、インストールする。
  • 01:21 2. PyMOL Liscenseの取得
  • 03:18 3. PyMOLの構成と基本操作
  • 05:32 4. リボン図に表示する方法
  • 07:41 5. 分子を綺麗に表示するテクニック
  • 08:27 6. 画像とセッションの保存

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200312_PyMOL.mov

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