SCPortalenは、理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームが開発、維持している、公開された一細胞遺伝子発現プロファイルのメタデータを補正し、統一したデータ解析法を適用した結果をまとめたデータベースです(原著論文: SCPortalen: Human and Mouse Single-Cell Centric Database)。SCPortalenでは、主たる論文誌で掲載されている一細胞トランスクリプトームデータを収集し、各細胞/RNA-Seqデータに関するメタデータをキュレーションして整理しています。また、マッピングや発現量定量化を統一した処理方法で再データ処理を行い、各種Quality Checkを経て、サンプルやRNA-Seqデータの品質情報を作成し、PCAやt-SNEなどの標準的なデータ解析を実行しており、それらの結果を統合して閲覧、検索可能なインターフェースを備えています。