UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
Data integrator は、UCSCが提供しているツールで、ゲノム上の異なる種類のトラックデータを、まとめて表形式で取得するためのツールです。発現データと変異情報など、異なる種類のデータの重複領域について調べたいときに便利です。今回は、「転写因子”MYC”の結合部位において、疾患との関連が報告されている変異」を一覧で取得することを例にその使い方を紹介します。
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。