Tabula Muris を使ってマウスシングルセル解析のデータから細胞集団のマーカー遺伝子を評価する

Tabula Muris は、マウスのシングルセル(単一細胞)におけるトランスクリプトームデータを収載したデータベースで、20の器官および組織に由来するおよそ100,000個の細胞から得られた遺伝子発現データが含まれています(原著論文: "Single-cell transcriptomic characterization of 20 organs and tissues from individual mice creates a Tabula Muris")。これらのデータを使って、解剖学的に異なる部位に局在する免疫細胞などのような同種の細胞における遺伝子発現データを容易に比較することができるほか、特徴が不明であった細胞集団における遺伝子発現の評価や、自身のシングルセル解析データの検証など、多くの目的に利用することができます。また、2つの異なる技術的アプローチ(microfluidic droplet、FACS)で得られた遺伝子発現データを比較することもできることも特徴の一つです。

Highlights

  • 00:22 1. ウェブ版Tabula Murisにアクセスする
  • 01:00 2. t-SNEによる解析結果を確認する
  • 01:47 3. 別の臓器のt-SNE結果を確認する
  • 02:16 4. 細胞特異的なマーカー遺伝子を評価する
  • 03:30 5. マーカー遺伝子の性差を評価する

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200117_TabulaMuris.mov

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