UCSC Lift Genome Annotations を使ってゲノム座標データをリファレンス配列間で対応付ける

UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
UCSC Lift Genome Annotations は、UCSCが提供しているツールで、アノテーションをリファレンス配列のバージョン間や種間(ヒトからマウスなど)で対応付けることができるツールです。過去の論文等に記載されている古いバージョンのゲノム座標と、手元の新しいバージョンの座標を対応付けることが必要な時などに重宝します。
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

Highlights

  • 00:10 1. Lift Genome Annotationsの説明
  • 2. Lift Genome Annotationsで使用するBEDフォーマットの説明 (1:05
  • 01:54 3. バージョン間(ヒトからヒト)におけるアノテーションの対応付け
  • 04:42 4. 種間(ヒトからマウス)におけるアノテーションの対応付け
  • 05:37 5. エラーメッセージの表示と解説

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191218_LiftGenomeAnnotations.mov

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