gVolante(ジーボランチ)を使ってゲノムやトランスクリプトームアセンブリの完全度を評価する

gVolante (ジーボランチと発音します)は、理化学研究所 生命機能科学研究センター 分子配列比較解析チームが開発するゲノムアセンブリの評価ツールで、ユーザー、または公共のゲノム、トランスクリプトームのアセンブリデータに対して、全遺伝子情報の網羅性をウェブサイト上で評価することができます。(原著論文: gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies)
ゲノム配列を読み取ってアセンブルした際には、往々にして、N50という指標に従って、どれだけ長いContig配列が得られたのか調べられてきました。しかし、その指標だけでは、肝心の配列の中身がどのくらい遺伝子の情報をカバーしているかを評価することはできません。
今回の動画では、アセンブル配列のテストデータを使って、その配列がどのくらい全遺伝子情報をカバーしているのかを評価するための方法を紹介します。

Highlights

  • 00:46 1. gVolanteのWebサイトに関する説明
  • 01:14 2. 解析に用いるサンプルデータのダウンロード
  • 02:47 3. 解析に関するオプションの説明
  • 03:45 4. 解析結果の説明
  • 04:09 5. 解析結果のファイルをダウンロード

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190901_gvolante.mov

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