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LEfSeを使って細菌叢(Microbiome)の群間比較解析とバイオマーカー探索を行う
LEfSe（Linear discriminant analysis effect size）は Curtis Huttenhowerらによって開発されたメタゲノムバイオマーカーを発見するためのツールです (原著論文: Metagenomic biomarker discovery and explanation.)。 複数条件下の微生物群集データを対象に、集団の違いを説明できる特徴量(生物種、系統、OTU、遺伝子、機能など)を統計学的に抽出することができ、ある現象を引き起こす原因菌などを探索することにも用いられます。今回は、Galaxy版のLEfSeを使って、ヒトの各部位ごとに細菌叢と酸素利用性を取得したデータをサンプルとして群間比較解析とバイオマーカー探索を行う方法について紹介します。
Highlights
- 00:23 1. データセット細菌叢ファイルを用意する
- 00:45 2. LEfSeのウェブサイト
- 01:02 3. Galaxy版のLEfSeにデータをアップロードする
- 01:32 4. LEfSe用にデータのフォーマットを行う
- 02:05 5. Lefseによる群間比較解析を行う
- 02:35 6. Lefseで発見されたバイオマーカー候補を表示する
- 03:23 7. バイオマーカー候補をCladogram (分岐図)で表現する
- 03:52 8. 一つの特徴量に絞ってその詳細を表示する
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190412_LEfSe.mov