公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う
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NCBI GEOのデータセットブラウザを使って公共データの遺伝子発現解析を行う 2019
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NCBI GEOのデータセットブラウザを使って公共データの遺伝子発現解析を行う 2019
NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回は、誰でも利用することができるパブリックな実験データセットについて、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、ウェブブラウザ上で実行できる様々な遺伝子発現データ解析の方法を紹介します。具体的には、データセットの検索からデータセット内の遺伝子の検索、生データや処理済みデータなどNCBI GEOからダウンロード可能なファイルの説明、遺伝子発現パターンに有意な変化がある遺伝子を探す機能、クラスタリングとヒートマップ作成機能、各サンプルの発現量の分布を見るツールなどの説明をしています。
Highlights
- 00:50 1. GEOデータベースで、検索を行う
- 01:50 2. 遺伝子発現量のデータから、特定の遺伝子を検索する
- 02:19 3. 遺伝子発現量のデータを用いて、解析を行う
- 03:45 4. サンプル内容とIDの対応を調べる
- 04:52 5. 解析したデータをダウンロードする
- 06:29 6. 染色体の位置毎の遺伝子発現量を調べる
- 06:53 7. サンプルデータを使って、遺伝子発現量解析を行う
- 08:54 8. サンプルの情報の詳細を調べる
- 09:44 9. サンプル間で有意な発現差がある遺伝子を調べる
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190403_GEO_Datasetbrowser.mov