OmicsDI (Omics Discovery Index)は、様々なデータベースに蓄積されているゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボロームといったオミクスデータを縦断的に検索できるプラットフォームです。プロテオームの PRIDE、メタボロームの MetaboLights、トランスクリプトームの GEO や ArrayExpress など、2018 年 6 月現在 18 のデータベースから検索することができます。
Annotator というツールを用いて、オントロジーに基づいたアノテーション拡張を独自に行っているため、元のデータベースではあるデータセットにたどり着けない検索語でも OmicsDI では見つけられることがあるのも特徴です。例えば、プロテオームのデータベース PRIDE のエントリー PXD002530 は、OmicsDI では 「side effects」 というクエリで見つけられますが、PRIDE ではもともとアノテーションに使われている用語である 「adverse effects」 でないと検索結果に現れません。
今回は、プロテオームおよびトランスクリプトームのデータを検索する例を中心に、OmicsDIの基本的な使い方について紹介します。