2019-01-05ChIP-Atlas は、論文などで報告された ChIP-seq データを閲覧し、利活用するためのウェブサービスです。データ処理の知識やスキルがない方でも簡単に利用できます。データソースは、公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データです。ChIP-Atlas は、九州大学大学院医学研究院発生再生学分野 と ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が共同で開発しています。
今回の動画では、利用者自身が持つデータを受け付け、既存のChIP-seqデータとの比較解析を行う「Enrichment Analysis」の使い方を紹介します。興味のある遺伝子リストを 入力すると、それらをまとめて制御する可能性の高い転写因子候補が示されるほか、BED 形式ファイルやシーケンスモチーフを入力すると、それらに enrichment する転写因子群を調べることができます。 ChIP-Atlasに関する動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2018-12-22本日の統合TVは、2018年11月28-30日に開催された第41回日本分子生物学会年会のワークショップ「生命科学のデータベース活用法2018」から、九州大学大学院医学研究院 本田 瑞季氏 による「公共のChIP-seqデータをフル活用できるChIP-Atlas」をお送りします。約9分です。
ChIP-Atlasに関する動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
ワークショップの開催趣旨は下記の通りです。
『NBDC では、わが国のライフサイエンス研究を推進するために、「ライフサイエンスデータベース統合推進事業」を実施し、生命科学データベース（DB）に関する様々なサービス提供と研究開発を行っています。本企画では、生物種別、分野別、目的別等で産出される情報を網羅的に収集して整理する「統合化推進プログラム」について、「どんな DB があるのか知りたい」、「入手したデータを十二分に活用したい」、といったご要望にお応えするための DB やツールを紹介します。』

2018-01-24ChIP-Atlas は、論文などで報告された ChIP-seq データを閲覧し、利活用するためのウェブサービスです。データ処理の知識やスキルがない方でも簡単に利用できます。データソースは、公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データです。ChIP-Atlas は、九州大学大学院医学研究院発生再生学分野 と ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が共同で開発しています。
今回の動画では、興味のある転写因子を選択し、転写開始点(TSS: Transcription Start Site)と転写因子が結合する位置までの距離を指定すると、その遺伝子によって制御される標的遺伝子候補を検索できる「Target Genes」の使い方を紹介します。
ChIP-Atlasに関する動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2018-01-23ChIP-Atlas は、論文などで報告された ChIP-seq データを閲覧し、利活用するためのウェブサービスです。データ処理の知識やスキルがない方でも簡単に利用できます。データソースは、公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データです。ChIP-Atlas は、九州大学大学院医学研究院発生再生学分野 と ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が共同で開発しています。
今回の動画では、既報の ChIP-seq データをまとめて閲覧し、何がどこに結合しているかが一目でわかる「Peak Browser」の使い方を紹介します。Peak Browserでは、Integrative Genomics Viewer (IGV) (参考: 統合TVによるIGVの使い方解説動画 基本編、マッピングデータ可視化編) によりスムーズなブラウジングが可能で、興味の遺伝子のシス調節領域を予測したり、それを制御する転写因子の予測ができます。
ChIP-Atlasに関する動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2021-10-26本日の統合TVは、2021年8月19日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン8から、バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 太田 紀夫 氏 による「遺伝子発現データベースを使って遺伝子リストの生物学的解釈をする(エクセルの活用)」をお送りします。
マイクロアレイやRNA-seqなどの遺伝子発現データから、意味のある遺伝子リストを作成するためには、いくつか注意しなければならないポイントがあります。今回の講習では、変動遺伝子を選択する際の基本的な考え方とリスト作成時の注意すべきポイントについて考えます。GEOから遺伝子発現のマトリクスデータを取得し、生物学系の研究者に馴染みの深いエクセルを用い、関数や詳細フィルター機能を使って、特別なプログラミングスキルがなくても、目的とする適切な遺伝子リストを自由に作れるようになることを目標とします。

2025-04-16WashU Epigenome Browser は、エピゲノムデータセットの可視化、統合、分析を提供するウェブベースのゲノムデータ探索ツールです(原著論文: https://doi.org/10.1093/nar/gkac238)。簡単な操作でゲノム情報の種間比較やメチル化等の可視化を行うことができるので、ゲノムやエピゲノムの情報を視覚的に理解することができます。これを利用することで種間で保存されている領域や種特異的に変化している領域、そして各領域のエピゲノムの状態を把握することができます。今回はヒトゲノムをアンカーにしてゲノム情報の可視化と種間比較、エピゲノムの可視化機能について紹介します。

2024-09-25SCPortalen2は、理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームが開発、維持している、公開されたシングルセル遺伝子発現プロファイルに対して、メタデータの補正や統一したデータ解析法を適用した結果をまとめたデータベースです(原著論文: SCPortalen: Human and mouse single-cell centric database. Nucleic Acids Research, https://doi.org/10.1093­/nar/gkx949)。SCPortalen2 では、主たる論文誌で掲載されているシングルセルトランスクリプトームデータを収集し、各細胞/RNA-Seqデータに関するメタデータをキュレーションして整理しています。また、マッピングや発現量定量化を統一した処理方法で再データ処理を行い、各種Quality Checkを経て、サンプルやRNA-Seqデータの品質情報を作成し、PCAやt-SNEなどの標準的なデータ解析を実行しており、それらの結果を統合して閲覧、検索可能なインターフェースを備えています。

2024-09-09TEENA (Transposable Element ENrichment Analyzer) は、中国揚州大学を中心とした研究チームが開発する、トランスポゾン(Transposable element: TE)に関するエンリッチメント解析を行うことができるウェブツールです。(原著論文: TEENA: an integrated web server for transposable element enrichment analysis in various model and non-model organisms, Nucleic Acids Research, 5 July 2024, https://doi.org/10.1093/nar/gkae411) 近年、転写制御等におけるトランスポゾンの役割が注目されており、エンハンサーやプロモーター、転写開始点としての役割など、転写ネットワークにさまざまな影響を及ぼすことが報告されています。そのため、ChIP-seq やATAC-Seq等の解析とあわせて、トランスポゾンのエンリッチメント解析が手軽に行えることは、特異的な遺伝子発現やその制御等を理解する上で有用です。TEENAは、最適化されたパイプラインで迅速な解析を実現し、約100種の生物のゲノムアノテーションを利用することができます。またウェブブラウザ上での簡単な操作で、柔軟なパラメータ設定やその結果を可視化したグラフ等を得ることができます。今回はTEENAを使って、ChIP-seqのピークコールとオーバーラップするトランスポゾンについて、エンリッチメント解析する方法を紹介します。

2024-03-06UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
今回は、自分のデータをカスタム注釈トラックとしてUCSC Genome Browserに追加し表示(Add Custom Tracks)する方法について紹介します。現在VCF, BED, GTF, WIG形式などさまざまなファイル形式がカスタムトラックの作成に利用できます(公式ドキュメント: Displaying Your Own Annotations in the Genome Browser)。Wiggle形式 (WIG形式) は、密で連続なデータを表現する形式で、GC率やChIP-Seqのデータなどを表示するためによく使用されています。また、Variant Call Format形式 (VCF形式) は、ゲノム解析で頻繁に利用されるファイル形式で、Single Nucleotide Variants (SNVs) やCopy Number Variants (CNVs) などの遺伝バリアントを記述する形式です。

2023-02-07本日の統合TVは、2023年1月26日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン15から、理化学研究所 生命医科学研究センター 森岡 勝樹 氏 による「UCSCゲノムブラウザを活用する」(講習スライド)をお送りします。
本講習では、UCSC Genome Browserにある10種類以上のツールたちを知り、そのツールを使って、オリジナルのデータと公共データの比較が行えるようになり、最終的に論文用の作図が行えるようになることを目的として、「UCSC Genome Browserの豊富なツールを理解する」、「BLAT、In-Sillico PCRを使って配列を検索する/Gene Sorterを使って発現データを解析する」、「Track Hubを使ってオリジナルデータと公共データを比較した図を作成する」の三部構成でそれらの使い方をハンズオン形式で講習しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2020-12-13本日の統合TVは、2020年11月11日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン3から、新潟大学大学院医歯学総合研究科 奥田 修二郎 氏 による「パスウェイデータベース」をお送りします。約57分です。
なお、オンライン配信時の機材不調により講師の映像と音ズレが発生していますが、進行には問題ありません。
本講習では、パスウェイデータベースの概要とデータ形式などを紹介するとともに、主にBioCyc、Reactome、KEGGを使って、手持ちのオミックスデータをパスウェイにマッピングする方法を紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2020-12-11本日の統合TVは、2020年11月11日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン3から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「遺伝子発現データ解析 (RefEx、ChIP-Atlas、DAVID、metascape、GEO2Rなど)」をお送りします。約81分です。なお、オンライン配信時の機材不調により講師の映像と音ズレが発生していますが、進行には問題ありません。
本講習では、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法に始まり、遺伝子発現データの結果を生物学的に解釈するためのツール(ChIP-Atlas・DAVID・Metascape・Enrichr)の使い方、公共データベース上にある遺伝子発現データを解析するためのツール(NCBI GEO・GEO2R・GREIN・iDEP・BioJupies)の使い方について紹介しています。また、統合TVを使って､研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールの使い方を知る方法も紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2020-03-31The Allen Brain Atlasは米国シアトルにあるアレン脳科学研究所(The Allen Institute for Brain Science)内のプロジェクトで、マウスやヒトの脳の遺伝子発現マップを作成し、ゲノミクスと神経解剖学を組み合わせることで脳の統合的な理解を深めることを目的としています。その統合プラットフォームであるAllen Bain Map では、各種データやツールが提供されているほか、プロジェクトの一覧が見ることができます。Allen Brain Atlasは発生過程や成熟した脳の空間情報と遺伝子発現をまとめたデータベースで、マウス、ヒト、霊長類などについてまとめられています。これらのデータはBrain Explorerというビューアを使って、3次元で表示することができます。
今回はデスクトップ版Brain Explorerを用いて、マウスとヒトの脳遺伝子発現について3次元マップを構築する方法と複数のデータを同時に確認する方法、Web版Brain Explorerの起動の仕方を紹介します。

2020-02-17SCPortalenは、理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームが開発、維持している、公開された一細胞遺伝子発現プロファイルのメタデータを補正し、統一したデータ解析法を適用した結果をまとめたデータベースです(原著論文: SCPortalen: Human and Mouse Single-Cell Centric Database)。SCPortalenでは、主たる論文誌で掲載されている一細胞トランスクリプトームデータを収集し、各細胞/RNA-Seqデータに関するメタデータをキュレーションして整理しています。また、マッピングや発現量定量化を統一した処理方法で再データ処理を行い、各種Quality Checkを経て、サンプルやRNA-Seqデータの品質情報を作成し、PCAやt-SNEなどの標準的なデータ解析を実行しており、それらの結果を統合して閲覧、検索可能なインターフェースを備えています。

2020-01-31CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)は、米国ブロード研究所 (Broad Institute)が提供するヒトがん細胞株のデータポータルです(原著論文: Next-generation characterization of the Cancer Cell Line Encyclopedia)。CCLEでは現在、約1,500種に及ぶ様々ながん細胞株における遺伝子発現、変異、RNAスプライシング、DNAメチル化、ヒストンH3修飾、マイクロRNA発現、タンパク質アレイなどのデータがまとめられています。CCLEで提供されているデータと、すでに公開されているさまざまな遺伝子アノテーションや薬剤感受性などの薬理学データ(例: depmap (the Cancer Dependency Map: 統合TVによる解説「depmapを使ってがん細胞が依存する遺伝子の情報を調べる (がんの治療標的となる遺伝子を発見する)」)) との関連付けを行うことで、抗がん剤および関連するバイオマーカー探索などを効率的にすすめることができます。

2019-12-15本日の統合TVは、2019年9月25日に開催された統合データベース講習会:AJACS十勝2から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「遺伝子発現データの生物学的解釈を助けるデータベース・ウェブツールの使い方」をお送りします。約1時間52分です。
本講習では、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法、ChIP-Atlasを用いて発現データの結果を生物学的に解釈する(興味ある遺伝子リストを制御する可能性の高い転写因子を調べる)方法について紹介しています。また、統合TVを使って､研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールの使い方を知る方法も紹介しています。
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会 実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2019-11-17UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
UCSC Track Hubsは、ゲノムに沿った形で表現されるデータ（トラックデータ）をゲノムブラウザ上で閲覧できるサービスです。大規模なプロジェクトで産出されたデータの多くがトラックデータとして提供されています。複数の異なる種類のデータを同時に閲覧でき、表示のカスタマイズも比較的自由にできるため、各種データをわかりやすく可視化したり、データ同士を比較して解釈するのに便利です。今回は、公式にUCSC Genome Browserと連携しているトラックデータである "Public Hubs" の例として「FANTOM5」のデータを、そして、まだ公式には追加されていないトラックデータがオリジナルサイトで提供されている場合に、それらのURLを直接入力して閲覧することができる "My Hubs" の例として「ReMap」のデータを表示する方法について紹介します。(その後、ReMapのデータは公式にUCSCゲノムブラウザに追加されました。)
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

2019-11-16本日の統合TVは、2019年8月28日に開催された統合データベース講習会:AJACS宮崎2から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「遺伝子発現データの生物学的解釈を助けるデータベース・ウェブツールの使い方」をお送りします。約1時間51分です。
本講習では、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法、ChIP-Atlasを用いて発現データの結果を生物学的に解釈する(興味ある遺伝子リストを制御する可能性の高い転写因子を調べる)方法について紹介しています。また、統合TVを使って､研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールの使い方を知る方法も紹介しています。
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会 実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
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2019-09-22本日の統合TVは、2019年8月7日に開催された統合データベース講習会:AJACS番町3から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)/バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 坊農 秀雅 による「遺伝子発現データベース／遺伝子発現解析ツール」をお送りします。約1時間18分です。
本講習では、公共の遺伝子発現データベースについて理解を深め、それらから必要なデータを探し出して再利用できるようになることを目標に、主に以下の内容を紹介しています。

1. AOE (All Of gene Expression)を使って、興味ある実験データセットを絞り込む
2. OmicsDI (Omics Discovery Index)を使って、興味あるオミックスデータセットを検索する
3. RefExを使って、組織特異的遺伝子を検索する
4. Metascapeを用いて、発現データの結果を生物学的に解釈する

2019-01-07本日の統合TVは、2018年11月9日に開催された統合データベース講習会:AJACS名古屋2から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)/バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 小野 浩雅 による「NBDCの紹介とNBDCが提供するサービス」をお送りします。約1時間9分です。
本講習では、統合TVを使って､研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールの使い方を知る方法をはじめ､RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法、ChIP-Atlasを用いて発現データの結果を生物学的に解釈する(興味ある遺伝子リストを制御する可能性の高い転写因子を調べる)方法について紹介しています。
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会 実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2018-08-17本日の統合TVは、2018年6月26-27日に開催された統合データベース講習会:AJACS越後から、新潟大学大学院医歯学総合研究科 奥田 修二郎 准教授 による「パスウェイデータベース」をお送りします。約1時間19分です。
本講習では、パスウェイデータベースの概要とデータ形式などを紹介するとともに、主にBioCyc、Reactome、KEGGの使って、手持ちのオミックスデータをパスウェイにマッピングする方法について実習形式で紹介しています。
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会 実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2018-08-16本日の統合TVは、2018年6月26-27日に開催された統合データベース講習会:AJACS越後から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「実験データの生物学的解釈をするための遺伝子発現DB・ウェブツールの使い方」をお送りします。約1時間53分です。
本講習では、統合TVを使って､研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールの使い方を知る方法をはじめ､RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法、ChIP-Atlasを用いて発現データの結果を生物学的に解釈する(興味ある遺伝子リストを制御する可能性の高い転写因子を調べる)方法について実習形式で紹介しています。
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会 実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2018-08-02p300DB は、コペンハーゲン大学の Choudhary 研究室での研究成果として得られた、転写コアクティベーターとして働くリシンアセチル化酵素 CBP/p300 によって制御されるアセチル化に関連するデータをまとめたデータベースです。
タンパク質名や ID で検索し、そのタンパク質が CBP/p300 によって受けるアセチル化を調べる Symbol search、タンパク質のドメイン名で検索し、そのドメインを持っているタンパク質の CBP/p300 によるアセチル化を調べる Domain search、タンパク質名や ID で検索し、ヒトとマウスの間で保存されている CBP/p300 アセチル化サイトを調べる Conserved sites の３つの検索方法が提供されています。
今回は、それらの3機能を中心にp300DBの基本的な使い方について紹介します。
p300/CBP inhibitorを用いて得られた莫大なデータから、どのようなことがわかったのかについては原著論文 (DOI: 10.1016/j.cell.2018.04.033)をご覧ください。

2018-01-27COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer) はがんと関連する体細胞変異の情報を集積したデータベースです。
COSMICでは、expert curation data と systematic screen data の2タイプのデータがあります。前者は COSMIC の専門キュレーターにより、投稿論文の情報をもとに手動で入力されたデータで、がんの原因となる変異が報告されている遺伝子をまとめた Cancer Gene Census (CGC) というプロジェクトで挙げられた遺伝子について詳細な情報を提供しています。一方、後者は大規模なゲノムスクリーニングのデータを報告した論文からアップロードされたデータや、The Cancer Genome Atlas (TCGA) や International Cancer Genome Consortium (ICGC) などの他のデータベースからインポートしたデータで、前者が既知のがん遺伝子についての情報であるのに対し、後者は新たながん遺伝子の発見に役立つ情報です。
今回は、COSMICを使って、遺伝子名で検索してその遺伝子で報告されている変異の情報を調べる方法や、Cancer Browser で組織や腫瘍のタイプを選び、報告されている変異の情報を調べる方法について紹介します。

2018-01-21BioCyc(バイオサイクと読みます)はSRIインターナショナル(Stanford Research Institute)が開発するパスウェイデータベースです。大腸菌からヒトまで幅広く対象にしており、異株を含めて7600種以上が収載されています。収載されているパスウェイデータは主に、専門家が手作業で作成した文献ベースのデータ、自動ツールを利用して作成されたデータを手作業で修正したデータ、自動ツールで作成されたデータがあります。
今回の動画では、BioCycの基本的な操作方法を解説しながら、パスウェイの検索方法や種間比較の方法などについて説明します。