パスウェイデータベースBioCycを使ってパスウェイを検索する

BioCyc(バイオサイクと読みます)はSRIインターナショナル(Stanford Research Institute)が開発するパスウェイデータベースです。大腸菌からヒトまで幅広く対象にしており、異株を含めて7600種以上が収載されています。収載されているパスウェイデータは主に、専門家が手作業で作成した文献ベースのデータ、自動ツールを利用して作成されたデータを手作業で修正したデータ、自動ツールで作成されたデータがあります。
今回の動画では、BioCycの基本的な操作方法を解説しながら、パスウェイの検索方法や種間比較の方法などについて説明します。

Highlights

  • 00:40 1. BioCycのデータベースの説明
  • 01:46 2. E.coliのデータベースを使ってTCA cycleのパスウェイを検索
  • 02:14 3. パスウェイ検索結果の説明
  • 05:22 4. パスウェイ全体図の表示
  • 06:41 5. パスウェイの種間比較

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180121_biocyc.mov

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