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次世代シーケンサー（NGS）を用いた解析と関連データベース・ツール @ AJACS下総
本日の統合TVは、2017年12月19日に開催された統合データベース講習会:AJACS下総から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 仲里 猛留 による「次世代シーケンサー（NGS）を用いた解析と関連データベース・ツール」をお送りします。約2時間35分です。
本講習では、主に次世代シーケンサー(NGS)解析に必要な基礎知識を概説するとともに、NGSに関連するデータベースやウェブツール(NCBI Sequence Read Archive (SRA)、European Nucleotide Archive (ENA)、DDBJ Sequence Read Archive (DRA)、DBCLS SRAなど)の使い方について実習形式で紹介しています。
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会 実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主に次世代シーケンサー(NGS)解析に必要な基礎知識を概説するとともに、NGSに関連するデータベースやウェブツール(NCBI Sequence Read Archive (SRA)、European Nucleotide Archive (ENA)、DDBJ Sequence Read Archive (DRA)、DBCLS SRAなど)の使い方について実習形式で紹介しています。
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Highlights
- 14:39 1. NGSとは?
- 29:46 2. NGSのデータベース
- 37:30 3. SRAの検索
- 01:15:27 4. SRAへの登録
- 01:20:38 5. データ解析概略
- 01:25:52 6. 参考リソース
- 01:46:23 7. クオリティチェック・トリミング
- 01:57:37 8. 発現解析(mapping)
- 02:09:05 9. 発現解析(de novo)
- 02:11:44 10. その後の発現解析
- 02:19:34 11. SNV/Indel解析
- 02:24:03 12. ChIP-Seq
- 02:33:28 13. メタゲノム
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180115_AJACS67_03_nakazato.mov