【NGSハンズオン2017】NGS解析(初～中級) ゲノムアセンブリ後の各種解析（前半）

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2017.12.01

03:12:24

Author: TogoTV

Editor: TogoTV

本日の統合TVは、2017年8月28日(月) ～ 9月2日(金)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム平成29年度 NGSハンズオン講習会から、東京大学大学院農学生命科学研究科門田幸二特任准教授による「NGS解析(初～中級) ゲノムアセンブリ後の各種解析（前半）」をお送りします。約3時間12分です。
本講習では、主に日本乳酸菌学会誌の連載「次世代シーケンサーデータの解析手法」第7回（のウェブ資料W10）及び第8回の内容を中心に講習会用にアレンジし、ハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約14MB)
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

02:42 1. W10：multi-FASTAファイルの分割
01:00:02 2. W11：FASTQファイルの分割
01:10:34 3. W11：クオリティスコア分布
01:36:12 4. 環状化(ゲノム解読のfinishing作業の一部)～アセンブリ結果として、最初と最後の末端部分が同じ配列の場合は、通常そのコンティグは環状と判断。それを確認するための基本的な考え方、手段、および環状化のノウハウを伝授、～W12：seqinrパッケージを用いて、仮想環状コンティグのドットプロットで感覚をつかむ～
01:53:58 5. 環状化(ゲノム解読のfinishing作業の一部)～W13：重複配列の除去の感覚をつかむ(これが環状化作業の実体)～
02:02:36 6. 環状化(ゲノム解読のfinishing作業の一部)～W14：dotterプログラムで実際のPacBio出力結果に対して適用し、環状状態の概要を知る～
02:19:57 7. 環状化(ゲノム解読のfinishing作業の一部)～W15：Bio-Linux上のblastnで、環状の同一コンティグ同士をDB側とquery側にして実行～
02:33:26 8. 環状化(ゲノム解読のfinishing作業の一部)～W16：正確なアラインメントを眺め、切断箇所をクオリティスコア分布と合わせて判断する～