UniProtを使って、タンパク質のアミノ酸配列とその機能情報を横断的・網羅的に調べる

UniProt (The Universal Protein Resource)は、SIB Swiss Institute of Bioinformatics(スイスバイオインフォマティクス研究所)とEuropean Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)(欧州バイオインフォマティクス研究所)が運営するタンパク質のアミノ酸配列およびその機能情報を提供する代表的なデータベースです。Swiss-Prot、TrEMBl、Protein Information Resource (PIR)を統合して構築されているUniProtKB(UniProt Knouwledgebase) を基盤としており、タンパク質に関連するさまざまな情報を横断的・網羅的に調べることができる世界で最も広範なタンパク質の情報カタログです。今回は、ヒトの低酸素誘導因子の阻害タンパク質であるHypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor (HIF1AN)を例にして、UniProtの基本的な使い方を紹介します。

Highlights

  • 01:02 1. 検索を始める
  • 01:48 2. データの種類別のリンクを使う
  • 05:15 3. Cross-referencesを使って統合的に検索する

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