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DoMosaicsを使ってドメイン構造と系統樹を可視化する
DoMosaics (以前のURLであるhttp://www.domosaics.net/ は使えなくなっており、現在は https://domainworld.uni-muenster.de/developing/domosaics/ でホストされています。2019/09/27追記)は、複数のタンパク質のドメイン構造と系統関係が簡単に調べられるウェブツールです。これによって、どのようなドメインが進化の過程で獲得されたのか、また欠落したのかを推定することができます。ドメイン検索のデータベースをPfamからダウンロードする方法や、検索用プログラム(hmmscan、hmmpress)をHMMERからダウンロードする方法を解説しながら、テストデータを使って、DoMosaicsの使い方を紹介します。
Highlights
- 00:36 1. DoMosaicsのウェブサイト
- 01:12 2. ドメイン検索のデータベースをPfamからダウンロードする
- 02:38 3. hmmscanとhmmpressを用意する
- 04:05 4. DoMosaicsでドメイン検索をする
- 07:27 5. ドメイン構造と系統関係を可視化する
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170804DoMosaics.mov