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【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - ゲノム解析、塩基配列解析
本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ～ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第1部 統計解析 (農学生命情報科学特論I) ゲノム解析、塩基配列解析」をお送りします。約4時間51分です。
本講習では、主に
・NGS解析手段、ウェブツール(DDBJ Pipeline)との連携
・k-mer解析（k個の連続塩基に基づく各種解析）の基礎と応用
・塩基ごとの出現頻度解析(k=1)、2連続塩基の出現頻度解析(k=2)
・塩基配列解析を行うための基本スキルの復習や作図
・de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約7.3MB)
解析データ (ZIP: 約2.2MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主に
・NGS解析手段、ウェブツール(DDBJ Pipeline)との連携
・k-mer解析（k個の連続塩基に基づく各種解析）の基礎と応用
・塩基ごとの出現頻度解析(k=1)、2連続塩基の出現頻度解析(k=2)
・塩基配列解析を行うための基本スキルの復習や作図
・de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約7.3MB)
解析データ (ZIP: 約2.2MB)
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Highlights
- 08:02 1. NGS解析手段、ウェブツール(DDBJ Pipeline)との連携
- 26:06 2. DDBJ PipelineでPlatanusを実行
- 34:39 3. k-mer解析(k個の連続塩基に基づく各種解析)の基礎～塩基ごとの出現頻度解析(k=1)～
- 56:04 4. k-mer解析(k個の連続塩基に基づく各種解析)の基礎～一気に計算～
- 01:22:30 5. k-mer解析(k個の連続塩基に基づく各種解析)の基礎～2連続塩基の出現頻度解析(k=2)、基本スキルの復習や作図～
- 02:11:18 6. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方～ランダムな塩基配列(仮想ゲノムおよび仮想NGSデータ)の作成～
- 02:39:33 7. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方～k-mer解析の応用、ゲノムサイズ推定の基礎～
- 03:04:24 8. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方～ゲノムサイズ推定(1,000 bpの仮想ゲノムの場合)～
- 03:15:58 9. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方～ゲノムサイズ推定(1,000 bpの仮想ゲノム；4X → 10X coverageの場合)～
- 03:28:02 10. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方～k-mer出現頻度分布～
- 03:56:10 11. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方～シークエンスエラーを含む場合～
- 04:19:31 12. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方～最終確認～
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161015NGS_01_kadota.mov