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【NGSハンズオン2015】NGS解析 - RNA-seq
本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ～ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、アメリエフ株式会社 山口 昌男 氏 による「NGS解析 - RNA-seq」をお送りします。約2時間52分です。
講義資料PDF (2015.09.03版; 約4MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
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Highlights
- 00:40 1. RNA-seq とは
- 02:20 2. RNA-seq 解析：パイプライン
- 04:22 3. RNA-seq 解析でできること
- 06:07 4. RNA-seq 解析：データ〜酵母のゲノムのリファレンス取得＆配列確認〜
- 10:50 5. RNA-seq 解析：データ〜DDBJ DRA について〜
- 20:50 6. RNA-seq 解析：データ〜シーケンスデータ取得〜
- 28:17 7. RNA-seq 解析：データ〜シーケンスデータを確認〜
- 29:40 8. RNA-seq 解析：クオリティコントロール〜シーケンスデータのクオリティを確認〜
- 43:00 9. 応用)PolyA/T tail の混入
- 43:27 10. RNA-seq 解析：クオリティコントロール〜最初の 1 塩基を削除〜
- 51:59 11. RNA-seq 解析：クオリティコントロール〜PolyA/T tail を除去 1〜
- 57:48 12. 応用)アダプタ配列を除去するソフト
- 59:23 13. RNA-seq 解析：クオリティコントロール〜PolyA/T tail を除去 2 ＆質疑応答〜
- 01:08:51 14. RNA-seq 解析：クオリティコントロール〜クオリティの低いリードを除外〜
- 01:19:13 15. RNA-seq 解析：クオリティコントロール〜クリーニング結果の確認〜
- 01:28:30 16. RNA-seq 解析：マッピング〜TopHat の使い方を確認〜
- 01:37:15 17. RNA-seq 解析：マッピング〜マッピング〜
- 01:48:30 18. RNA-seq 解析：マッピング〜マッピング率〜
- 01:53:00 19. ポイント)TopHat のアルゴリズム
- 01:53:26 20. RNA-seq 解析：マッピング〜マッピング結果の可視化〜
- 02:10:53 21. ポイント)遺伝子の発現量 ≠ 遺伝子上にマップされたリード数
- 02:14:40 22. RNA-seq 解析：発現定量〜Cufflinks の使い方を確認〜
- 02:18:58 23. RNA-seq 解析：発現定量〜発現量を計算〜
- 02:29:06 24. 応用)サンプル間比較
- 02:48:09 25. 質疑応答
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151115NGS_yamaguchi.mov