Highlights

• 00:20 1. 前講義 (R基礎) の訂正〜Overrepresented seq. (例題4)〜
• 03:48 2. 本日の講義内容
• 04:40 3. パッケージ
• 17:43 4. R 本体とパッケージの関係
• 19:10 5. CRAN と Bioconductor
• 21:57 6. R 本体 と Bioconductor のバージョンアップ
• 26:58 7. パッケージのインストール
• 30:13 8. Bioconductor 概観
• 55:02 9. Bioconductor 概観〜library(XXX)〜
• 01:02:19 10. ゲノム配列パッケージ (BSgenome) 利用の意義
• 01:03:46 11. BSgenome
• 01:10:41 12. BSgenome 〜質問「R での検索方法は？」〜
• 01:22:15 13. BSgenome 〜installed.genomes()〜
• 01:26:33 14. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題9〜
• 01:43:42 15. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題10〜
• 01:46:18 16. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題9・26番目以降の配列について〜
• 01:49:35 17. プロモーター配列取得
• 01:52:45 18. プロモーター配列取得〜例題1〜
• 01:56:55 19. プロモーター配列取得〜例題3〜
• 02:00:33 20. プロモーター配列取得〜質問「自分達のサンプルを調べたい場合の方法は？」〜
• 02:02:34 21. プロモーター配列取得〜Tips: sessionInfo〜
• 02:06:01 22. プロモーター配列取得〜パッケージのインストール〜
• 02:08:52 23. プロモーター配列取得〜バージョンの違い〜
• 02:35:06 24. プロモーター配列取得〜FASTA 形式ファイルと GFF3 形式ファイル〜
• 02:37:49 25. プロモーター配列取得〜例題7〜
• 02:52:19 26. 質問「プロモーター配列の取得方法の違いについて」
• 02:58:59 27. プロモーター配列取得〜データの型〜
• 03:14:01 28. library(help=パッケージ名)
• 03:18:21 29. パッケージ概観
• 03:24:47 30. プロモーター配列取得〜例題7の目的をおさらい〜
• 03:25:46 31. 残りのコードを概説
• 03:28:08 32. プロモーター配列取得〜データの型〜
• 03:33:56 33. プロモーター配列取得〜例題8〜
• 03:36:09 34. 遺言
• 03:39:19 35. R を用いた検証例 (例題7、例題14)
• 03:42:11 36. Linux を用いた検証例
• 03:46:10 37. 質疑応答
• 03:48:36 38. FASTQ ファイルの各種解析 (Linux と R を相補的に活用)
• 03:49:44 39. FASTQ ファイル解析
• 03:51:11 40. FastQC と QuasR の実行結果
• 04:02:06 41. FastQC マニュアル
• 04:04:06 42. FastQC
• 04:12:35 43. FastQC のオプション (デフォルトと--nogroup あり) の違いによる Kmer Content 項目の結果の違い
• 04:16:25 44. 様々な状況証拠を収集
• 04:21:06 45. QuasR (トリム前とトリム後)
• 04:25:34 46. 末端塩基のトリム (例題4)
• 04:29:34 47. 例外処理
• 04:40:01 48. R での検証