GeneStudioを使って塩基配列をアセンブルする

GeneStudioは、主にサンガーシークエンスによって得られた波形データを、塩基配列情報に変換したり、アセンブルしたりすることができるフリーウェアです。今回は複数の波形データ(ABI)をもとに、それらをアセンブルする方法を紹介します。類似のフリーウェアであるBioEditでも簡単なアセンブルをすることはできますが、GeneStudioではforward/reverse鎖を自動で調節してcontigを生成することができ、また波形データを見ながら手動で各readをトリムすることが可能です。

Highlights

  • 00:56 1. アセンブルを始める
  • 02:31 2. 波形を見つつ端をトリムする
  • 03:48 3. ミスマッチ箇所の検索とコンセンサス配列の編集
  • 05:20 4. コンセンサス配列の保存

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131218GeneStudio.mov

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