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Cytoscapeを使って実験データを可視化する
Cytoscapeとは、生物学的ネットワーク（グラフ）を可視化＆解析できるオープンソースプラットフォームです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。今回は応用発展編として、大量データの読み込みの仕方、フィルターのかけ方、ネットワークの可視化について説明します。
Highlights
- 00:00 1. Cytoscape で読み込めるファイル形式の説明
- 00:32 2. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の内容説明
- 01:08 3. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の読み込み
- 02:42 4. マイクロアレイデータ (galExpData.csv) の内容説明
- 03:18 5. マイクロアレイデータ (galExpData.csv) の読み込み・レイアウトとスタイルの変更
- 05:11 6. 遺伝子発現量の変動の可視化
- 07:43 7. 表示領域の移動
- 08:25 8. フィルターによるネットワークの選択と抽出
- 10:43 9. ノード情報の確認・ネットワーク上の特徴のある部分の抽出
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131129cytoscape2.mov