2023-03-01TeX Liveは、電子組版のためのフリーソフトウェアであるTeX に関連するソフトウェアがパッケージされたディストリビューションの一つで、自分のPCでTeXを使用したい場合に利用します。 今回は、Windowsマシンに環境構築が容易なTeX Live 2022 をインストールして、コンパイルを行う方法を紹介します。また、高機能エディターである「Visual Studio Code (VSCode)」を用いて、ローカルな環境でLaTeXを快適に利用するための環境設定の方法について紹介します。サンプルファイルと環境設定に用いる設定ファイルはこちらから取得できます。 ※2023年3月19日にTeX Live 2023がリリースされました。2022版と仕様変更があり、動画で紹介している内容が一部再現できなくなっているのでご注意ください。

2025-04-242025年4月9日に開催されたBio"Pack"athon 2025 #4の露崎弘毅氏による「幹細胞性スコアのまとめ」をお送りします。本講演では、シングルセルオミックスを計測した細胞集団のうち、未分化度合いが高い幹細胞度合いを定量化する各種ツールを紹介しています。 この講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。

• ・パッケージ開発に関するミートアップ（月一開催）
• ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
• ・Bioconductorへの登録サポート

2017-08-11Primer BLAST(ぷらいまーブラストと発音します)は、与えられた配列をPCRで増幅するためのPrimer設計ツールです。同様のツールとしてはPrimer3が挙げられますが、Primer BLASTの良いところはエキソン・イントロン境界を挟むよう指定できる点やPrimerの配列特異性をあらかじめ考慮して設計できる点、またその確認が同ツールの中でできる点などがあります。 ここでは、ヒトGAPDHに対するプライマー設計を例として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer BLASTの使い方を紹介します。

2025-04-232025年4月9日に開催されたBio"Pack"athon 2025 #4の久米慧嗣氏による「Claude Code × AI駆動型開発 Rパッケージ開発への応用と展望」をお送りします。本講演では、話題の大規模言語モデル（LLM）に関連したトピックとして、ほとんどのタスクをAIに任せてコーディングする"Vibe Coding"スタイルの開発方法について紹介しています。 この講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。

• ・パッケージ開発に関するミートアップ（月一開催）
• ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
• ・Bioconductorへの登録サポート

2023-01-13本日の統合TVは、2022年12月22日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン14から、大阪大学 免疫学フロンティア研究センター 安水 良明 氏 による「ブラウザ上でRNA-seqデータを解析する」(講習スライド)をお送りします。
本講習では、バルクRNA-seq下流解析ができるようになることを目的として、ウェブブラウザを用いたバルクRNA-seq解析ツールであるiDEPの使い方をハンズオン形式で講習するとともに、類似ツールであるBioJupiesやRaNA-seqについても紹介しています。また、胸腺腫合併重症筋無力症の実データを用いた解析実例も紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2012-11-19ImageJは、NIH(National Institutes of Health)が開発した画像解析フリーウェアです。本ツールを利用して、TIFF・JPEGなど多くの形で保存された画像の編集・解析を行うことができます。今回は、ImageJのダウンロード、およびImageJを利用したゲル写真の半定量を行う方法を説明しています。

2025-01-29本日の統合TVは、2024年12月23日に開催されたデータ解析講習会：AJACS「シングルセルRNA-seqを知って・学んで・使う」から、大阪大学 蛋白質研究所 飯田 渓太 氏による「scRNA-seqデータを用いた細胞分類入門」(講習スライド)をお送りします。シングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)データを用いた細胞分類の手法の多くは、遺伝子発現量を用いた統計的クラスタリングと文献調査にもとづく遺伝子の機能アノテーションによっています。本講演では、scRNA-seq解析のやさしい導入と、革新的ツールについて紹介します。Q&A
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2017-05-11Primer3はPCR用のプライマーを設計するためのツールです。PCR実験成功の可否は、プライマー設計によるところが大きいですが、本ツールはWebブラウザ上で、実験条件に合った様々なパラメータを考慮しながらプライマー設計を行うことが可能です。ここでは例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer3の使い方を説明します。

2020-12-25本日の統合TVは、2020年12月23日に開催されたInfomics Career 勉強会 からライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「バイオインフォマティクス超入門! 統合TVを使い倒して必要なスキルを身につけよう!」をお送りします。約45分です。
11月にリニューアルされた「統合TV」の機能や使い方を実演を交え紹介します。バイオインフォマティクスを学ぼうとする初学者の方など各人が必要とするバイオインフォマティクスのスキルを身につけるための方法を知り、独習できるようになることを目指します。 講演スライドPDFはこちらからご覧いただけます。

2011-07-05MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)は、DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのフリーのソフトウェアで、Tamura K らによって作成されています。MEGAの特徴は、シークエンサーのファイル（ab1, abi, scfなど）を直接読み込めるため、波形データと配列データを一緒に解析できることです。また、Windows、Mac OS、Linuxとマルチプラットフォームで動作します。 今回は、いくつかの遺伝子（PPARやTP53など）を例として、多重アラインメントの実行と系統樹を作成する方法を説明します。

2020-04-23Zoteroは、米国 ジョージ・メイソン大学 Roy Rosenzweig Center for History and New Media (RRCHNM) が開発・公開している、研究論文を収集、整理、引用、共有するのに役立つ無料で使いやすい文献管理ソフトウェア・ウェブツールです。Zoteroのスタンドアロンソフトウェア(本動画作成時点はZotero 5.0)では、PMID (PubMed ID)を入力するだけで、文献書誌情報やオープンアクセスの場合は論文PDFまで自動でインポートすることができたり、タグ付けや関連論文などの管理をすることができます。ウェブブラウザの拡張機能として導入できるZotero Connectorと組み合わせることで、PubMed や Google Scholarなどで論文検索をした際に、ワンクリックで文献書誌情報をZoteroに登録することができます。また、Microsoft Word や Google Docsへの引用・参考文献挿入プラグインが提供されているほか、多数の雑誌の様式に準拠した参考文献リストの出力にも対応しているため、簡単に引用文献リストを原稿中に挿入することができます。

2017-03-21NCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。塩基配列を問い合わせ配列として、nr/ntデータベース（冗長性を排した塩基配列データベース）に対して検索を行い、機能を推定する使い方を説明します。もちろん、塩基配列だけではなく、アミノ酸配列に対しても使えます。

2020-03-12PyMOL（パイモル: 動画作成時点のバージョンは2.3.4）は、人間の肉眼では見えない生体分子を高品質な3Dイメージとして可視化することができるオープンソースの分子ビューアです。名称の一部Pyは記述言語であるPythonに因んでいます。コンパイル済みの製品を使用する場合は有料化されていますが、教職員もしくは学生は教育目的として登録すれば無料で使うことができます。
一方、最新のソースコードは無償公開されており、自分でソースコードからコンパイルして利用することもできます。(参考記事1: Windows10にPyMOLをインストールする（2018年8月30日版）、参考記事2: macOS/CentOS 7/Ubuntu 18.04へのオープンソース版PyMOLのインストール方法)
今回は、製品版のPyMOLを使って、Macへのインストールとその登録方法、基本操作を解説します。例として用いた3B7E (Neuraminidase of A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 strain in complex with zanamivir)は、1918年に流行したスペイン風邪の原因となったH1N1型インフルエンザウイルスの増殖を助ける、ノイラミニダーゼ（NA: Neuraminidase) というタンパク質です。

2010-05-11Primer BLAST(ぷらいまーブラストと発音します)は、与えられた配列をPCRで増幅するためのPrimer設計ツールです。同様のツールとしてはPrimer3が挙げられますが、Primer BLASTの良いところはエキソン・イントロン境界を挟むよう指定できる点やPrimerの配列特異性をあらかじめ考慮して設計できる点、またその確認が同ツールの中でできる点などがあります。 ここでは、例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer BLASTの使い方を紹介します。

2020-07-16Paperpileは、Google DocsやGoogle Scholarとの連携に重点を置いたWebベースの商用文献管理ソフトウェアです。(30日間無料で試用でき、その後は月額2.99ドルと気軽に利用できます。) 米国Paperpile LLC社が2012年からサービスしています。Paperpileの一部はGoogle Chromeの拡張機能として実装されています。
Paperpileは、学術出版社のウェブサイトやPubMed、Google Scholar、arXivなどのデータベースやプレプリントサーバからデータをワンタッチでインポートすることができます。Paperpileを通じて、論文PDFファイルを取得し、ユーザ自身のGoogle Driveアカウントに保存することができます。また、Google Docsとの連携機能を利用して、収集した論文の書誌情報をもとに引用リストを様々なフォーマットで作成することができます。さらに、Paperpileは、Mendeley、Zotero、Papersといった著名な文献管理ソフトウェアからもデータを移行することができます。

2020-04-01PubMed (パブメド)は米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理している文献情報データベースで、5000誌を超える世界の雑誌に掲載された生命科学分野の文献を検索することができます。2020年3月末時点でおよそ 3,000万件を超えるの文献情報を提供(PubMedの検索窓で「All[filter]」と入力すると検索時点での全件数が分かります。)しており、その検索数は月間でおよそ7,000 万件という、生命科学分野で最も利用されているウェブサービスの1つです。
この動画では、2019年末に大幅にリニューアルされたPubMedの新インターフェースの基本的な使い方から、自分の探している論文が見つからない場合の対処法や検索結果の保存方法、新着論文の自動取得方法などの便利な機能を紹介します。

2019-04-02BioRender は生命科学関連のイラストをウェブブラウザ上で描画することができるツールです。さまざまな細胞や組織、実験機器、模式図などイラストテンプレートやアイコンが豊富に用意されており、それらを簡単に編集するだけで、論文誌に投稿可能なレベルの高品質なイラストや模式図を作成することができます。今回は BioRender の無料版を利用して、その使い方や使用感について解説しています。
有料版には下記のようなメリットがあります。(大学・教育機関のメールアドレスで登録すると学生割引価格が利用できるようです。(Is there student pricing?))

• 各種フィルタを利用できる。
• PDF で出力できる。
• 論文投稿可能な解像度、カラーフォーマットで出力できる。
• 図のサイズを変更できる。
• 右下のロゴを削除できる。
• 作成した図を論文誌への原稿に利用できる。

2024-07-01ApE(A plasmid Editor)は塩基配列の可視化やプラスミドの構築（デザイン）を行うためのソフトウェアで、Mac、Windows、Linuxベースのマルチプラットフォームで利用可能です。ユタ大学のM. Wayne Davis が開発したプログラムで無料で利用することができます(原著論文: ApE, A Plasmid Editor: A Freely Available DNA Manipulation and Visualization Program)。 ApEは、配列に対して手動で、あるいはユーザーが定義した特徴ライブラリを用いて柔軟にアノテーションを付けることができます。ApEを使用することで、PCR、ギブソンアセンブリー、制限酵素-ライゲーションアセンブリー、ゴールデンゲートアセンブリーなどのクローニング手法のインシリコシミュレーションを通じて、プラスミドや他のDNA構築物 (コンストラクト) を設計することが可能です。さらに、ApEは視覚的に優れた直鎖状および環状プラスミドマップを作成するためのプラットフォームも提供しています。今回の動画では、制限酵素を使ったクローニング用のプラスミドを作成する方法を例にApEの使い方を紹介します。 サンプルとして使用している配列はAddgeneから取得したgfasPurple chromoprotein、またプラスミドは、pUC119-MCSです。(参考動画: Addgeneを使って登録されているプラスミド配列を検索し取得する)

2013-05-27ApE(A plasmid Editor)はプラスミドを設計するための無料のDNA配列編集ソフトです。遺伝子配列や制限酵素サイトの検索、2種類の配列のアライメントなどが簡単にできます。 DNA配列編集ソフトにはGenetyxやBioEditなど様々存在しますが、ApEは無料かつWindows/Macいずれでも利用できる利点があります。DNA配列編集ソフトの比較はこちらを御覧ください。今回はApEを利用して以下の内容を紹介します。 ・プラスミド(ベクター)配列を設計する方法 　- DNA配列の編集 　- DNA配列上の制限酵素サイトの検索 　- 設計したプラスミド情報のアウトプット ・アラインメントの方法 なお、動画中で利用しているpET-28a(+)配列はここからダウンロードできます。

2024-09-26GSEA softwareは米国Broad Instituteなどによって提供されているGSEAを行うソフトウェアです。Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です(原著論文: Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 doi:10.1073/pnas.0506580102)。これを利用してさまざまな発現プロファイルを解釈することができます。今回は、GSEA softwareの導入と設定方法の解説とともにGREIN（GEO RNA-Seq Experiments Interactive Navigator; 解説動画: GREINを使ってNCBI GEOのRNA-seqデータを分析する）から取得したRNA-seqデータを用いた解析データの準備方法や解析結果の解釈方法などについて紹介します。

2013-04-09ImageJは、NIH(National Institutes of Health)が開発した画像解析フリーウェアです。 これまでにImageJの使いかたを2つ紹介して来ました。「ImageJを利用して画像を処理・解析する」、「ImageJを利用して画像を処理・解析する-2」ところで、ImageJには、特殊化された用途に合わせて開発されたパッケージが多数存在します。今回は、その中から生命科学系の画像処理に適したパッケージFijiの使い方を紹介します。

2023-12-13本日の統合TVは、2023年9月14日に開催された日本エピジェネティクス研究会リソースセミナーから、衛藤 貫 氏 (熊本大学発生 医学研究所 細胞医学分野) による「RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール」をお送りします。本講演の要旨は以下の通りです。
「RNAシーケンス（RNA-seq）は網羅的な遺伝子発現変動解析（DEG解析）に不可欠なツールである。原著論文で使用されたRNA-seqのデータセットは誰でも再利用できるようにGene Expression Omnibus（GEO）に集約されている。現在、数万以上のデータセットが再解析可能な状態にあり、一般的に利用される組織・細胞株のデータも豊富にあるので、分子生物学の研究を進める上で有益な情報が得られる可能性を秘めている。しかしながら、DEG解析は煩雑で時間も要するために、短時間で再現性のあるデータ解析をするためには情報科学の専門知識が求められる。そこで私は、専門的知識不要で再現性のあるデータ解析が可能となるウェブツール（RNAseqChefと名付けた）を新たに開発した(原著論文: A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane、日本語マニュアル)。RNAseqChefは、RNA-seq解析により得られたカウントデータを自動的に解析・可視化するツールである。RNAseqChefを用いることで、単一のデータセットの解析のみならず、複数のデータセットの統合解析が直感的な操作のみで可能となる。本セミナーでは、具体的にどのような解析ができるか概要と操作方法を説明する予定である。」
本講演動画は、衛藤氏より統合TVにご寄託をいただきました。

2025-01-31本日の統合TVは、2024年12月23日に開催されたデータ解析講習会：AJACS「シングルセルRNA-seqを知って・学んで・使う」から、理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川 雄也 氏による「公共データベースからシングルセルRNA-seqデータを取得する」(講習スライド)をお送りします。シングルセルRNA-seq法は広く使われるようになったことで、実際に実験しなくても公共リポジトリやデータベースから入手できるようになってきました。こうした現状と公共データベースの活用方法について紹介します。Q&A
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2022-03-15本日の統合TVは、2022年1月20日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン10から、大阪大学招聘准教授／（一財）蛋白質研究奨励会研究員 川端 猛 氏 による「PDBjを使ってタンパク質の立体構造データを見る」をお送りします。
本講習では、興味を持っているタンパク質の立体構造データをPDBから探し、分子ビューアで観察、変異部位、結合部位などの立体的な位置を把握できるようになることを目標に、解析事例を交えながら、主にProtein Data Bank、分子ビューアMolmil、相同複合体の検索・モデリングサーバHOMCOSの使い方について紹介しています。またAlphaFold2による予測についての解説もあります。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2018-09-19Benchling は、科学者の日々の仕事をサポートするように設計されたクラウド型ウェブサービスです。
日々のラボノートの記録を電子的に行うだけでなく、遺伝子解析、制限酵素のポジション、アラインメント、プライマー作成、アノテーション、BLASTなど、分子生物学研究を行う上で不可欠なツールが一通り揃っているサービスです。
データの保存は全てウェブ上で行い、ネット環境があればいつでもどこでもデータにアクセスでき、データを共有できることが特徴で、共同研究者とのコラボレイトにも適しています。この動画では、Benchlingのアカウントの作り方をはじめ、ナビゲーションバーやNotebookの使い方、そして分子生物学ツールとしての基本的な操作方法を解説します。