ClustalW(「クラスタルダブル」と読みます)は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。比較的簡単な操作で系統樹作成なども行うことができます。ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。