Bio"Pack"athon2026 #2 講演紹介

2026年2月25日に開催された Bio"Pack"athon2026 #2 における、前原一満氏による講演 「高次元ダイナミクスを速度情報から再構成して調べるツール：ddHodgeの紹介と1細胞データ解析の実践ガイド」 をお送りします。

本講演では、RNA velocity解析の結果から勾配（gradient）・回転（curl）・発散（divergence）成分を取り出すベクトル場解析ツール ddHodge を紹介しています。高次元ダイナミクスを数理的に再構成し、1細胞データ解析へ応用するための実践的ガイドです。

この講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン） よりご寄託いただきました。

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高次元ダイナミクスを速度情報から再構成して調べるツール：ddHodgeの紹介と1細胞データ解析の実践ガイド

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2026.03.03

33:05

作者:  前原 一満

編集:  Bio”Pack”athon, 森岡勝樹

高次元ダイナミクスを速度情報から再構成して調べるツール：ddHodgeの紹介と1細胞データ解析の実践ガイド

Bio"Pack"athon2026#2 講演紹介

Bio"Pack"athon2026 #2 講演紹介

2026年2月25日に開催された Bio"Pack"athon2026 #2 における、前原一満氏による講演 「高次元ダイナミクスを速度情報から再構成して調べるツール：ddHodgeの紹介と1細胞データ解析の実践ガイド」 をお送りします。

本講演では、RNA velocity解析の結果から勾配（gradient）・回転（curl）・発散（divergence）成分を取り出すベクトル場解析ツール ddHodge を紹介しています。高次元ダイナミクスを数理的に再構成し、1細胞データ解析へ応用するための実践的ガイドです。

  • RNA velocity
  • ベクトル場解析
  • Hodge分解
  • 1細胞解析
  • ddHodge

この講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン） よりご寄託いただきました。

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Bio"Pack"athonの主な活動

  • パッケージ開発に関するミートアップ（月1回開催）
  • 日本語によるパッケージング教材の拡充化
  • Bioconductorへの登録サポート

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    見どころダイジェスト

    • 00:00 1. 高次元ダイナミクスを速度情報から再構成して調べるツール：ddHodgeの紹介と1細胞データ解析の実践ガイド
    • 00:05 2. 目次
    • 00:20 3. 1. 背景 ddHodgeを取り巻く状況
    • 00:28 4. 横断的データ vs 縦断的データ
    • 01:34 5. ddHodgeの解析の流れ
    • 03:22 6. 着想：ホッジ分解による対比較データを用いたグローバルランキング推定
    • 04:44 7. 方法論としてのコンセプト Dynamicalなデータ解析
    • 05:35 8. Manifold Learning 2.0
    • 06:26 9. 2. 概説 ddHodgeでできること
    • 08:06 10. RNA Velocity
    • 08:46 11. RNA Velocity以外のvelocity情報取得の試み
    • 09:25 12. Dynamoの一部機能として実装されているddHodge
    • 10:42 13. ddHodgeコンセプトの静かな拡がり
    • 11:41 14. 明示的なベクトル場復元法はDynamoとddHodgeだけ
    • 12:34 15. Dynamoとの定量的な復元性能比較
    • 14:13 16. ddHodgeのユニークな点：低次元なデータ多様体上のダイナミクス復元
    • 19:00 17. 適用例1：ポテンシャルの高さと形状でマウスの発生過程を要約できる
    • 20:35 18. 適用例2：UCSC Cell BrowserによるPOI選択と細胞運命分岐点の可視化
    • 21:45 19. 3. ddHodgeを使ったデータ解析の実例
    • 22:45 20. JuliaパッケージddHodge.jlの紹介
    • 24:10 21. scVeloのサンプルデータを用いたddHodgeのデモ

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      260303_maehara.mov

      DOI

      https://doi.org/10.7875/togotv.2026.011

      再利用時のライセンス

      クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0
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      Bio"Pack"athon2026 #2 講演紹介

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      2026年2月25日に開催された Bio"Pack"athon2026 #2 における、前原一満氏による講演 「高次元ダイナミクスを速度情報から再構成して調べるツール：ddHodgeの紹介と1細胞データ解析の実践ガイド」 をお送りします。

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      本講演では、RNA velocity解析の結果から勾配（gradient）・回転（curl）・発散（divergence）成分を取り出すベクトル場解析ツール ddHodge を紹介しています。高次元ダイナミクスを数理的に再構成し、1細胞データ解析へ応用するための実践的ガイドです。

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