Bio"Pack"athon2026 #1 講演紹介

2026年1月7日に開催された Bio"Pack"athon2026 #1 における、 松本拡高氏による講演 「Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling」 をお届けします。

本講演では、原虫のアミノ酸配列に含まれるタンデムリピート配列を、 機械学習に適した特徴量へ変換するツール Drepper について紹介されています。

本講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン） よりご寄託いただきました。

Bio"Pack"athonの主な活動

パッケージングに興味がある方や、 パッケージ化したいデータベース・解析手法をお持ちの方は、 ぜひお気軽にご参加ください。

最新情報は Twitter アカウント @biopackathon にて発信されています。

'>

バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する

前

Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling

次

ここをクリックするとコース内の動画が確認できます。

この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/_2ApFCqUDUU

2026.03.01

27:27

作者:  松本拡高

編集:  Bio”Pack”athon, 森岡勝樹

Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling

Bio"Pack"athon2026#1 講演紹介

Bio"Pack"athon2026 #1 講演紹介

2026年1月7日に開催された Bio"Pack"athon2026 #1 における、 松本拡高氏による講演 「Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling」 をお届けします。

本講演では、原虫のアミノ酸配列に含まれるタンデムリピート配列を、 機械学習に適した特徴量へ変換するツール Drepper について紹介されています。

本講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン） よりご寄託いただきました。

Bio"Pack"athonの主な活動

  • パッケージ開発に関するミートアップ（月1回開催）
  • 日本語によるパッケージング教材の充実
  • Bioconductor への登録サポート

パッケージングに興味がある方や、 パッケージ化したいデータベース・解析手法をお持ちの方は、 ぜひお気軽にご参加ください。

最新情報は Twitter アカウント @biopackathon にて発信されています。

関連動画

    見どころダイジェスト

    • 00:00 1. Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling
    • 00:33 2. 目次
    • 01:19 3. イントロ
    • 01:20 4. タンパク質タンデムリピート（TR）
    • 03:34 5. 生物学的な問い 複雑なTRの特徴付け
    • 05:34 6. 原虫とは
    • 08:02 7. 原虫におけるTR
    • 10:25 8. 方法論 アルゴリズムの説明
    • 11:31 9. Drepperの手順
    • 19:16 10. 結果 原虫における解析結果
    • 19:17 11. クラスタリング + PCAの結果（2クラスタの意味付け）
    • 23:52 12. 今後の展望1 リピートに関する展望
    • 25:48 13. 今後の展望2 リピートに限定しない展望（系列データへの拡張）
    • 26:30 14. まとめ
    • 12:34 15. Dynamoとの定量的な復元性能比較
    • 14:13 16. ddHodgeのユニークな点：低次元なデータ多様体上のダイナミクス復元
    • 19:00 17. 適用例1：ポテンシャルの高さと形状でマウスの発生過程を要約できる
    • 20:35 18. 適用例2：UCSC Cell BrowserによるPOI選択と細胞運命分岐点の可視化
    • 21:45 19. 3. ddHodgeを使ったデータ解析の実例
    • 22:45 20. JuliaパッケージddHodge.jlの紹介
    • 24:10 21. scVeloのサンプルデータを用いたddHodgeのデモ

    この動画のタグ

    関連動画

      動画ファイルのダウンロード

      260301_matsumoto.mov

      DOI

      https://doi.org/10.7875/togotv.2026.009

      再利用時のライセンス

      クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0
      \n \n \n Bio"Pack"athon2026#1 講演紹介\n \n\n\n
      \n

      Bio"Pack"athon2026 #1 講演紹介

      \n\n

      \n 2026年1月7日に開催された Bio"Pack"athon2026 #1 における、\n 松本拡高氏による講演\n 「Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling」\n をお届けします。\n

      \n\n
      \n 本講演では、原虫のアミノ酸配列に含まれるタンデムリピート配列を、\n 機械学習に適した特徴量へ変換するツール\n Drepper について紹介されています。\n
      \n\n

      \n 本講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン） よりご寄託いただきました。\n

      \n\n

      Bio"Pack"athonの主な活動

      \n \n\n

      \n パッケージングに興味がある方や、\n パッケージ化したいデータベース・解析手法をお持ちの方は、\n ぜひお気軽にご参加ください。\n

      \n\n

      \n 最新情報は Twitter アカウント\n @biopackathon\n にて発信されています。\n

      \n
      \n\n',duration:e,"duration(ISO 8601)":e,duration_sec:1647,editor:"Bio”Pack”athon, 森岡勝樹",embedUrl:"_2ApFCqUDUU",headline:[{name:"1. Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling",time:0},{name:"2. 目次",time:33},{name:"3. イントロ",time:79},{name:"4. タンパク質タンデムリピート（TR）",time:80},{name:"5. 生物学的な問い 複雑なTRの特徴付け",time:214},{name:"6. 原虫とは",time:334},{name:"7. 原虫におけるTR",time:482},{name:"8. 方法論 アルゴリズムの説明",time:625},{name:"9. Drepperの手順",time:691},{name:"10. 結果 原虫における解析結果",time:1156},{name:"11. クラスタリング + PCAの結果（2クラスタの意味付け）",time:1157},{name:"12. 今後の展望1 リピートに関する展望",time:1432},{name:"13. 今後の展望2 リピートに限定しない展望（系列データへの拡張）",time:1548},{name:"14. まとめ",time:1590},{name:"15. Dynamoとの定量的な復元性能比較",time:754},{name:"16. ddHodgeのユニークな点：低次元なデータ多様体上のダイナミクス復元",time:853},{name:"17. 適用例1：ポテンシャルの高さと形状でマウスの発生過程を要約できる",time:1140},{name:"18. 適用例2：UCSC Cell BrowserによるPOI選択と細胞運命分岐点の可視化",time:1235},{name:"19. 3. ddHodgeを使ったデータ解析の実例",time:1305},{name:"20. JuliaパッケージddHodge.jlの紹介",time:1365},{name:"21. scVeloのサンプルデータを用いたddHodgeのデモ",time:1450}],id:"https://doi.org/10.7875/togotv.2026.009",keywords:["講演","解析","ツール","バイオインフォマティクス","配列分析"],lang:"ja",license:"https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.ja",movie_type:"lecture",name:"Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling",publisher:"DBCLS",skillset_1:{id:"PL0uaKHgcG00aJSa233gkhBA2HHe0-Ha-B",title:"バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する"},thumbnailUrl:"https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/togotv/movie/thumbnail/20260301_0.jpg",update:"",uploadDate:"2026-03-01",url:"https://togotv.dbcls.jp/20260301.html"}}],fetch:[],error:n,state:{display:"card",sp_menu_toggle_state:{search_videos:!1,contact:!1},youtube_API_token:n,i18n:{routeParams:{}},auth:{user:n,loggedIn:!1,strategy:"google"}},serverRendered:!0,routePath:"/20260301"}}(null,"PT27M27S")