バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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シングルセル解析プラットフォームShortCakeの紹介
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シングルセル解析プラットフォームShortCakeの紹介
2025年11月19日に開催された、Bio"Pack"athon2025#11の中戸隆一郎氏による「シングルセル解析プラットフォームShortCakeの紹介」をお送りします。本講演では、シングルセル解析で利用する各種ツールをDocker、Jupyter Notebook、RStudioなど多様な環境で利用可能にした統合プラットフォームであるShortCakeについて紹介しています。
この講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio"Pack"athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ（月一開催）
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
見どころダイジェスト
- 00:00 1. シングルセル解析プラットフォームShortCakeの紹介
- 00:36 2. Bioinformatics誌に掲載
- 02:32 3. 様々なシングルセル解析手法
- 05:03 4. scRNA-Seqの解析ステップ
- 06:34 5. 課題
- 08:52 6. ShortCakeとは？
- 10:29 7. Dockerとは？
- 14:37 8. ShortCakeの対応ツール一覧
- 15:57 9. Micromambaを使ったPython環境構築
- 18:51 10. 利用例（Jupyter Notebook）
- 19:56 11. 利用例（R-studio Server）
- 21:05 12. サーバからのアクセス
- 24:03 13. ShortCake flavors
- 29:11 14. ShortCakeの想定ユーザー
- 30:23 15. 開発経験談（DockerHubへの登録）
- 33:19 16. なぜShortCakeを作ろうと思ったのか
- 41:10 17. 質問タイム
動画ファイルのダウンロード
251202_nakato.mov