バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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HiC1Dmetricsを用いたゲノム立体構造解析 @ Bio”Pack”athon2024#10
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HiC1Dmetricsを用いたゲノム立体構造解析 @ Bio”Pack”athon2024#10
2024年10月9日に開催されたBio"Pack"athon 2024 #10 から、中戸 隆一郎 氏による「HiC1Dmetricsを用いたゲノム立体構造解析」をお送りします。本講演では、ゲノム領域間の相互作用を計測するHi-Cのコンタクトマップを1次元ベクトル化するためのRパッケージであるHiC1Dmetricsを紹介しています。HiC1Dmetricsだけでなく、Hi-C解析全般の解説動画となっており、初学者におすすめです。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
見どころダイジェスト
- 00:30 1. 目次
- 01:07 2. HiCを用いた立体構造解析
- 01:08 3. ゲノムは核内で規則的に折りたたまれている
- 03:54 4. Hi-Cを用いた立体構造解析の原理
- 07:05 5. Hi-C法で観測される階層的ゲノム構造
- 08:33 6. トポロジカルドメイン（TAD）
- 10:09 7. 異なる階層は異なる因子によって制御されている
- 11:53 8. サンプル間比較（目視、ログ比）
- 14:55 9. 多サンプル解析の場合
- 18:03 10. HiC1Dmetrics
- 19:32 11. HiC1Dmetrics誕生秘話
- 23:32 12. 1次元解析の例（インシュレーションスコア; IS）
- 25:31 13. 1次元解析の例（コンパートメント; PC1）
- 27:46 14. 1次元解析の例（クロマチンコンパクション; DLR）
- 29:07 15. 新規スコアの例（Intra-TAD score; IAS）
- 30:30 16. 見たかったもの: 「TAD間」相互作用の欠損効果の違い
- 31:54 17. Directional relative frequency（DRF）
- 34:45 18. HiC1Dmetrics (v0.2.10)
- 35:12 19. 期待される使い方1: 多サンプル類似度比較
- 36:26 20. 期待される使い方2: エピゲノム情報との統合
- 37:34 21. Springerでの新書の宣伝
- 37:53 22. PyPIへの登録について
- 39:07 23. 登録ファイルの準備
- 40:22 24. PyPIへのアップロード
- 41:01 25. 考慮すべき点
- 43:56 26. まとめ
- 44:12 27. 質問タイム
動画ファイルのダウンロード
241016_HiC1Dmetrics.mov