SCPortalen2は、理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チームが開発、維持している、公開されたシングルセル遺伝子発現プロファイルに対して、メタデータの補正や統一したデータ解析法を適用した結果をまとめたデータベースです(原著論文: SCPortalen: Human and mouse single-cell centric database. Nucleic Acids Research, https://doi.org/10.1093­/nar/gkx949)。SCPortalen2 では、主たる論文誌で掲載されているシングルセルトランスクリプトームデータを収集し、各細胞/RNA-Seqデータに関するメタデータをキュレーションして整理しています。また、マッピングや発現量定量化を統一した処理方法で再データ処理を行い、各種Quality Checkを経て、サンプルやRNA-Seqデータの品質情報を作成し、PCAやt-SNEなどの標準的なデータ解析を実行しており、それらの結果を統合して閲覧、検索可能なインターフェースを備えています。