NCBI RefSeqを使って遺伝子のmRNAやアミノ酸配列を取得する

RefSeqとは、NCBI Reference Sequence Database の略で、NCBIが提供・維持管理する配列解析の基準として参照(Reference)するための高品質な遺伝子配列データベースのことです。その配列の多くは核酸配列データベースのDDBJEMBLGenBank由来であり、それらの中からもっとも代表的な配列としてふさわしいものを専門家が選び出し整理、注釈付をされています (About RefSeq)。今回は、このRefSeqデータベースから自分の興味ある遺伝子のRefSeq IDを調べ、そのmRNA配列とアミノ酸配列を取得する方法について説明しています。また、おまけとしてall[filter]と検索することでNCBIデータベースの全エントリ数を調べられる方法も紹介しています。

見どころダイジェスト

  • 00:07 1. NCBI Refseqの概要
  • 00:38 2. 遺伝子の名称を検索する
  • 01:13 3. 特定の生物のデータを見る
  • 02:28 4. mRNAの配列を見る
  • 02:57 5. 配列データの行数を非表示に変更する
  • 03:32 6. 配列情報をファイルに保存する
  • 04:18 7. NCBIのデータベースの総エントリー数を調べる

動画ファイルのダウンロード

240808_RefSeq.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

スキル別コースから探す

    新着動画

      視聴ランキング

        新着イラスト