PtWAVEを使ってゲノム編集ツールの活性と変異を推定する

PtWAVE (Progressive-type Wide-range Analysis of Varied Edits: Preprint)は、プラチナバイオ株式会社が開発・提供するゲノム編集効率、インデル(欠失・挿入)分布、およびそれらのアラインメントを推定するウェブツールです。サンガー(キャピラリー)シーケンスデータ(ABIファイル)からTIDE(Tracking of Indels by Decomposition)解析を行うPtWAVEでは、大きな欠失(large deletion)の検出が可能で、既存ツールよりも高感度に信頼性の高い解析結果を得ることができます。PtWAVEでは、入力されたデータおよび解析結果に関する権利はすべて利用者に帰属し、解析終了後データがサーバから削除される仕組みになっています。今回は、デモデータを使ってPtWAVEの基本的な使い方や解析結果の見方について紹介します。

見どころダイジェスト

  • 00:07 1. PtWAVEの概要
  • 00:44 2. PtWAVEの3つの画面モード
  • 00:53 3. Aboutモード
  • 01:04 4. Input parametersモード
  • 01:33 5. デモデータを解析する
  • 04:40 6. Outputモード

動画ファイルのダウンロード

240614_PtWAVE.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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