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TogoDX/Human v1.2を使ってヒトのデータベースを統合的に探索､俯瞰､抽出する (基本操作編)
TogoDX/Human は、生命科学分野における国内外の様々なデータベースから収集・統合した情報をワンストップに探索できるウェブサービスです。国立研究開発法人科学技術振興機構 情報基盤事業部 NBDC事業推進室と大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)が共同開発しています。ヒトに関する遺伝子、タンパク質、化合物、疾患など様々なカテゴリにおいて、8つのカテゴリー、20のデータベースに由来する65個の属性を探索することができ、検索結果を出力して他の解析環境に取り込むことも可能です。今回は、2023年9月にUIの更新、新機能の追加などが行われたTogoDX/Human v1.2を使ってその基本的な操作方法を紹介します。(関連記事: 統合データベース探索のフレームワーク「TogoDX」を利用した「TogoDX/Human」をv1.2にアップデートし、新規Attribute追加およびデータ更新をしました)
見どころダイジェスト
- 00:09 1. TogoDX/Humanの概要
- 00:40 2. Explore画面(トップページ)の見方
- 01:24 3. 属性の見方
- 01:48 4. 検索条件の選択
- 02:36 5. 同じ属性から複数選択する
- 02:52 6. 異なる属性を組み合わせる
- 03:23 7. Condition builderの見方
- 04:10 8. Projection機能を使用する
- 04:26 9. 検索結果を確認する
- 05:26 10. 検索結果と検索条件のダウンロード
- 06:12 11. 検索条件のインポート
- 06:48 12. Map your IDs機能の使用方法
動画ファイルのダウンロード
240613_TogoDX_human_basic.mov