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NCBI Datasetsを使ってゲノムデータを検索、閲覧、取得する
NCBI Datasets はNCBIが提供・維持管理しているゲノムデータに関するデータベースです。ゲノムデータの検索、閲覧、取得をワンストップで行うことができます。また、ゲノムデータに付随するアノテーション情報へのアクセスも容易で、配列データを用いて直接BLAST検索することもできます。今回は、Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)のゲノム情報を検索することを例に、NCBI Datasetsの基本的な使い方について紹介します。
見どころダイジェスト
- 00:35 1. NCBI Datasetsの概要
- 00:52 2. 「Arabidopsis thaliana」を検索
- 01:26 3. Browse taxonomyから生物学的分類を確認
- 01:52 4. シロイヌナズナのゲノムデータの閲覧
- 01:59 5. リファレンスゲノムTAIR10.1
- 02:28 6. リファレンスゲノムのダウンロード
- 05:24 7. フィルター検索の使い方
- 06:20 8. リファレンスゲノム以外のデータを閲覧
- 07:59 9. View annotated genesからアノテーションされた遺伝子を確認
- 08:20 10. 遺伝子塩基配列をダウンロード
- 09:34 11. 配列類似性検索
- 10:49 12. Annotation reportを確認
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240328_NCBI_Datasets.mov