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RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール @ 日本エピジェネティクス研究会リソースセミナー
本日の統合TVは、2023年9月14日に開催された日本エピジェネティクス研究会リソースセミナーから、衛藤 貫 氏 (熊本大学発生 医学研究所 細胞医学分野) による「RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール」をお送りします。本講演の要旨は以下の通りです。
「RNAシーケンス（RNA-seq）は網羅的な遺伝子発現変動解析（DEG解析）に不可欠なツールである。原著論文で使用されたRNA-seqのデータセットは誰でも再利用できるようにGene Expression Omnibus（GEO）に集約されている。現在、数万以上のデータセットが再解析可能な状態にあり、一般的に利用される組織・細胞株のデータも豊富にあるので、分子生物学の研究を進める上で有益な情報が得られる可能性を秘めている。しかしながら、DEG解析は煩雑で時間も要するために、短時間で再現性のあるデータ解析をするためには情報科学の専門知識が求められる。そこで私は、専門的知識不要で再現性のあるデータ解析が可能となるウェブツール（RNAseqChefと名付けた）を新たに開発した(原著論文: A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane、日本語マニュアル)。RNAseqChefは、RNA-seq解析により得られたカウントデータを自動的に解析・可視化するツールである。RNAseqChefを用いることで、単一のデータセットの解析のみならず、複数のデータセットの統合解析が直感的な操作のみで可能となる。本セミナーでは、具体的にどのような解析ができるか概要と操作方法を説明する予定である。」
本講演動画は、衛藤氏より統合TVにご寄託をいただきました。
「RNAシーケンス（RNA-seq）は網羅的な遺伝子発現変動解析（DEG解析）に不可欠なツールである。原著論文で使用されたRNA-seqのデータセットは誰でも再利用できるようにGene Expression Omnibus（GEO）に集約されている。現在、数万以上のデータセットが再解析可能な状態にあり、一般的に利用される組織・細胞株のデータも豊富にあるので、分子生物学の研究を進める上で有益な情報が得られる可能性を秘めている。しかしながら、DEG解析は煩雑で時間も要するために、短時間で再現性のあるデータ解析をするためには情報科学の専門知識が求められる。そこで私は、専門的知識不要で再現性のあるデータ解析が可能となるウェブツール（RNAseqChefと名付けた）を新たに開発した(原著論文: A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane、日本語マニュアル)。RNAseqChefは、RNA-seq解析により得られたカウントデータを自動的に解析・可視化するツールである。RNAseqChefを用いることで、単一のデータセットの解析のみならず、複数のデータセットの統合解析が直感的な操作のみで可能となる。本セミナーでは、具体的にどのような解析ができるか概要と操作方法を説明する予定である。」
本講演動画は、衛藤氏より統合TVにご寄託をいただきました。
見どころダイジェスト
- 00:19 1. 目次
- 00:31 2. RNA-seq解析の概要
- 02:15 3. RNAseqChef の紹介
- 04:02 4. 解析例1: 二群間の比較解析(Pair-wise DEG)
- 07:24 5. Pair-wise DEG の補足
- 09:35 6. 解析例2: 複数のデータセットの統合解析(Pair-wise DEG + Venn diagram)
- 13:30 7. Venn diagramの補足
- 15:54 8. 解析例3: 時系列データの多重比較解析(Multi DEG)
- 21:37 9. 解析例4: 相関解析(Normalized count analysis)
- 25:41 10. 相関解析の補足
- 26:30 11. 解析例5: エンリッチメント解析(Enrichment viewer)
- 28:41 12. 解析例6: Public data の解析(GREINとの連携)
- 30:55 13. 補足: Public dataの解析
- 32:42 14. まとめ: RNAseqChefを使用する利点
動画ファイルのダウンロード
231213_eto_RNAseqChef.mov