Reactome を使ってパスウェイ情報を検索する〜解析データのマッピング〜

Reactome はヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。それぞれの分野の専門家が編集しているため、信頼性の高いデータが得られます。代謝以外にもシグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNA マイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際にも利用できます。今回は、実験で得た遺伝子やタンパク質などのリストを用いて、それらの分子がより深く関与するreactomeのパスウェイを(相互作用因子を含めて)検索したり、(時系列を含む)発現量のデータをパスウェイにマッピングして可視化する方法などについて紹介します。

見どころダイジェスト

  • 00:10 1. Reactomeの紹介
  • 00:16 2. Analysis toolsでパスウェイ解析をする
  • 02:31 3. マッピングされたパスウェイを調べる
  • 04:01 4. 時系列の発現量データをマッピングする
  • 05:46 5. 詳細なパスウェイ図に反映させた発現量を調べる
  • 06:29 6. 可視化したパスウェイ図を画像として保存する

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231110_reactome_mapping.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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