本日の統合TVは、2023年10月5日に開催されたトーゴーの日シンポジウム2023 の統合化推進プログラムセッションから粕川 雄也 (理化学研究所 生命医科学研究センター チームリーダー) 氏 による、｢統合的な転写制御データ基盤 INTRARED の構築について｣をお送りします。講演要旨は以下のとおりです。
プロモーターやエンハンサー等のゲノム中の転写制御領域であるシスエレメント (CRE)、ゲノムに結合する転写因子等のトランス因子、メチル化やクロマチン状態等のエピゲノム状態といった転写制御に関わる３つの要素について、これらをカバーするデータ基盤INTRARED (https://www.intrared.org/) を構築している。INTRAREDはシスエレメントを対象としたfanta.bio (https://fanta.bio/) と、トランス因子・エピゲノム状態を対象としたChIP-Atlas (https://chip-atlas.org/) で構成され、両データベースを連携させることで転写制御に関する様々な情報を集約、統合的に検索できるようにすることを目指す。
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