この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/_CAiR0xWF24
ChEMBL を使って医薬品候補となる化合物について調べる
ChEMBLは、European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)(欧州バイオインフォマティクス研究所) で開発、維持されている、創薬を目的とした生理活性をもつ化合物や小分子のデータベースです(原著論文: ChEMBL: towards direct deposition of bioassay data)。化合物、核酸などの小分子(約240万種類)と、そのターゲット(約15,000)やアッセイ情報(約150万)を紐付けて収載しています。化合物や小分子の名称、分子式、分子量、標準SMILES、標準InChIなどの情報に加え、結合定数、ADMEデータなど生理活性に関する情報や、薬としての開発段階の情報などが付与されています。2019年にインターフェースが刷新され、化合物を名称や構造で検索したり、ターゲットをタンパク質の名称で検索することができるだけでなく、様々な観点から化合物について検索することができるようになっています。
見どころダイジェスト
- 00:10 1. ChEMBLの紹介
- 00:38 2. ウェブサイトにアクセスする
- 00:51 3. ターゲットから検索する
- 01:22 4. Target Report Cardの紹介
- 01:57 5. Compound Report Cardの紹介
- 02:51 6. 検索機能の紹介
- 04:12 7. ヒートマップを確認する
- 05:12 8. 化学構造式を描画して検索する
- 05:36 9. 化学構造式から類似した化合物の検索をする
- 07:11 10. BLAST検索をする
- 07:28 11. UniProtから配列を取得する
- 08:20 12. トップページから機能別検索をする
動画ファイルのダウンロード
230508_ChEMBL.mov