バイオインフォマティクスツール・パッケージを自作する

理解して使うRNA Velocity解析ツール -最近のツールの紹介- @ Bio”Pack”athon2023#2

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理解して使うRNA Velocity解析ツール -最近のツールの紹介- @ Bio”Pack”athon2023#2

2023年2月8日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #2から、芳村 美佳 氏による「理解して使うRNA Velocity解析ツール -実践編-」(講演資料)をお送りします。本講演では、シングルセルオミックス分野で行われるRNA Velocity解析について解説しています。RNA Velocityは、intron由来のsplicedなRNAと、exon由来のunsplicedなRNAの比率に着目することで、細胞の分化の向きをベクトル場として可視化する技術です。velocytoやscVeloといったオープンソースなツールが広く利用されています。しかしながら、背景にある理論が複雑であることから、ブラックボックスとして利用してしまっているユーザーが多くいることと思います。そのため、今回は「理解して使うRNA Velocity解析ツール」と題して、RNA Velocity解析に関する様々なトピックを紹介します。この動画では、そのうちの現在開発されているRNA Velocity解析ツールについて紹介します。この講演動画は、Bio”Pack”athon(バイオパッカソン)からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
  • ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
  • ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
  • Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。

見どころダイジェスト

  • 00:17 1. scVelo開発チームによるレビュー論文
  • 00:36 2. scVeloの今後の展開
  • 01:12 3. scVeloの現在
  • 02:46 4. scVeloの後継手法一覧
  • 04:03 5. MultiVelo
  • 04:57 6. UniTVelo
  • 05:35 7. Dynamo
  • 06:57 8. K-velo/eco-velo
  • 08:30 9. VeloAE/scTour
  • 09:50 10. LatentVelo
  • 10:51 11. Pyro-Velocity
  • 11:51 12. veloVI
  • 12:40 13. まとめ
  • 14:10 14. 質問タイム

動画ファイルのダウンロード

230217_03_yoshimura.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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