この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/B-xv1AFMR0I
UCSCゲノムブラウザを活用する @ AJACSオンライン15
本日の統合TVは、2023年1月26日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン15から、理化学研究所 生命医科学研究センター 森岡 勝樹 氏 による「UCSCゲノムブラウザを活用する」(講習スライド)をお送りします。
本講習では、UCSC Genome Browserにある10種類以上のツールたちを知り、そのツールを使って、オリジナルのデータと公共データの比較が行えるようになり、最終的に論文用の作図が行えるようになることを目的として、「UCSC Genome Browserの豊富なツールを理解する」、「BLAT、In-Sillico PCRを使って配列を検索する/Gene Sorterを使って発現データを解析する」、「Track Hubを使ってオリジナルデータと公共データを比較した図を作成する」の三部構成でそれらの使い方をハンズオン形式で講習しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、UCSC Genome Browserにある10種類以上のツールたちを知り、そのツールを使って、オリジナルのデータと公共データの比較が行えるようになり、最終的に論文用の作図が行えるようになることを目的として、「UCSC Genome Browserの豊富なツールを理解する」、「BLAT、In-Sillico PCRを使って配列を検索する/Gene Sorterを使って発現データを解析する」、「Track Hubを使ってオリジナルデータと公共データを比較した図を作成する」の三部構成でそれらの使い方をハンズオン形式で講習しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
見どころダイジェスト
- 00:09 1. 本レクチャーの内容
- 01:38 2. UCSC Genome Browserの豊富なツールを理解する
- 03:25 2-1. UCSC genome browserの歴史
- 06:06 2-2. UCSC genome browserミラーサイト
- 08:06 2-3. UCSC genome browserの現在
- 15:19 2-4. UCSC GB vs. IGV
- 19:52 2-5. UCSC genome browserのファイル形式
- 25:13 2-6. 今日デモを行わないツールについての簡単な紹介
- 26:34 2-6-1. LiftOver
- 28:38 2-6-2. Genome Graphs
- 31:01 2-6-3. Data Integrator
- 32:23 2-6-4. UShER
- 34:06 2-6-5. Gene interactions
- 36:24 2-6-6. VisiGene Image Browser
- 38:24 2-6-7. Variant Annotation Integrator
- 39:50 2-6-8. DNA Duster and Protein Duster
- 41:21 2-6-9. Executable and Source Code Downloads
- 43:52 3. UCSC Genome Browserの準備
- 4. BLAT、In-Sillico PCRを使って配列を検索する/Gene Sorterを使って発現データを解析する
- 01:08:55 4-1. BLATとは
- 01:12:59 4-2. BLATを使って配列を検索する
- 01:25:03 4-3. In-Sillico PCRを使って配列を検索する
- 01:42:17 5. Track Hubを使ってオリジナルデータと公共データを比較した図を作成する
- 01:42:49 5-1. Track Hubからテストデータをつくる
- 02:09:08 5-2. 公共データベースの情報をゲノム地図に追加する
- 02:16:03 5-3. 論文用の図のために、魅せたいところをハイライトする
- 02:18:53 5-4. 完成した図はPDF or EPSで保存
- 02:20:26 5-5. おまけ：Track Collection Builderはトラックを統合する
動画ファイルのダウンロード
230207_AJACS96_02_morioka.mov