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ORTHOSCOPEを使って遺伝子の由来を推定する
ORTHOSCOPEは配列のマルチプルアラインメントに加え、種系統樹(species tree)のデータを組み合わせることで、オーソグループを推定することができるwebツールです(原著論文: ORTHOSCOPE: An Automatic Web Tool for Phylogenetically Inferring Bilaterian Orthogroups with User-Selected Taxa)。オーソグループ(orthogroup)とは、対象とする全ての種の最後の共通祖先において、単一の遺伝子から派生した遺伝子(オーソログ)のグループです。今回は、ビタミンC(アスコルビン酸)の生合成に関わる酵素であるl-Gulono-gamma-lactone oxidase (GULO)(P58710)を例に、ORTHOSCOPEの使い方を紹介します。この遺伝子を霊長類が失ったことにより我々はビタミンCの摂取を食事に依存するようになりましたが、この遺伝子がどのように派生しているのかを調べます。
見どころダイジェスト
- 00:00 1. ORTHOSCOPEを使って遺伝子の由来を推定する
- 00:09 2. ORTHOSCOPEについて
- 00:28 3. 解析ワークフロー
- 01:05 4. ORTHOSCOPEへのアクセス
- 02:18 5. Focal groupについて
- 04:12 6. Genome taxon samplingについて
- 04:43 7. UniProtからクエリ配列を取得する
- 05:43 8. 解析の設定について
- 06:40 9. 解析結果をみる
- 08:21 10. ORTHOSCOPE*(STAR)について
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220815_ORTHOSCOPE.mov