バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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データ解析ワークフローを無駄なく、再現可能にするRパッケージ｢targets｣の紹介 @ Bio”Pack”athon2022#1
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データ解析ワークフローを無駄なく、再現可能にするRパッケージ｢targets｣の紹介 @ Bio”Pack”athon2022#1
2022年1月12日に開催された、Bio"Pack"athon 2022 #1のニッタ ジョエル氏による「データ解析ワークフローを無駄なく、再現可能にするRパッケージ「targets」の紹介」をお送りします。約64分です。
本講習では、ワークフロー管理ツール「targets」の使い方をライブコーディングで紹介しています。targetsはR言語パッケージです。前半でワークフロー管理ツールの紹介とtargetsのライブコーディング、後半ではtargetsに関する質問について答えていただいています。講演中に用いたスライドはIntroduction to targetsで、targetsに関するリンク集はResources 資料で参照することができます。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
- ・BioC Asia 2021の開催
見どころダイジェスト
- 00:40 1. 自己紹介
- 02:02 2. ワークフローの課題と管理ツールの紹介
- 05:57 3. Rのワークフロー管理ツール「targets」の紹介
- 09:11 4. targetsで使う主な関数
- 12:33 5. RStudioの設定・準備
- 14:53 6. ワークフロープランの記述：_targets.R
- 18:57 7. ワークフローの実行：tar_make関数
- 26:38 8. ワークフローの状況を可視化：tar_visnetwork関数
- 29:54 9. まとめ
- 30:55 10. 質問タイム
- 31:20 11. 質問：普段の解析でのtargetsの活用
- 33:51 12. 質問：tar_target関数のお作法
- 40:45 13. 質問：targetsで並列処理する方法
- 53:12 14. 質問：targetsを使う際のRの環境構築
- 55:18 15. 質問：他のワークフロー言語との違い
動画ファイルのダウンロード
220331_nitta_targets.mov