inDelphiはCRISPR-Cas9によるDNA二本鎖切断 (DSB) によって引き起こされる1塩基挿入と1-60塩基の欠失変異パターンを予測するツールです。Web版とCLI版がありますが、今回はWeb版を紹介します。inDelphiには3つのモード(Single mode・Batch mode・Gene mode)があります。
Single modeでは確認したい周辺領域配列を入力します。切断する箇所を決めて、1つの切断箇所に対する予測モデルを検索します。
Batch modeでは確認したい周辺領域配列を入力します。ガイドRNAが設計可能な全ての箇所に対して予測モデルを検索します。
Gene modeでは興味のある遺伝子名とゲノム (ヒトゲノム・マウスゲノム)を入力します。エキソン上のガイドRNAが設計可能な全ての箇所に対して予測モデルを検索します。Gene modeでは各遺伝子のエキソン番号、切断箇所に関する情報が付与されます。このため、フレームシフト頻度を予測するためなどに使用することができます。
本ツールは5種類の細胞種 (マウスES、U2OS、HCT116、K562、HEK293) におけるSpCas9の変異導入パターンを機械学習により予測することを可能にしたツールです。このことにより、Cas9の使用を前提としているため、切断様式の異なるCpf1/Cas12aには対応していません。また、哺乳類細胞には適応可能であると考えられますが、植物など他の細胞種には不適当なモデルである可能性があります。