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seqtk を使ってローカルでFASTA, FASTQを操作する
SeqtkFASTAやFASTQ形式の配列を処理するための高速かつ軽量なツールです。FASTQをFASTAに変換したり相補鎖に変換するような基本的な機能に加え、ランダムサンプリングやトリミング、クオリティチェックなど多くの機能があります。
見どころダイジェスト
- 00:11 1. seqtkについて
- 00:36 2. seqtkのインストール
- 01:37 3. 使用できるコマンドの例
- 02:04 4. 「seq」コマンドを用いたFASTAの相補鎖への変換
- 03:43 5. 「sample」コマンドを用いたFASTQのランダムサンプリング
- 04:59 6. 「fqchk」コマンドを用いたFASTQのクオリティ分析
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211024_seqtk.mov